近年来，我国经济虽高速发展，但技术水平低，创新能力弱，关键问题在于研发投入增长速度远远落后于经济发展的速度，全社会尤其是企业亟待增加研发投入。但由于研发技术具有外部经济性，单纯依靠市场机制不能有效促进企业增加研发投入。因此，政府必须采取有关政策以激励企业增加研发投入，推动技术升级换代，从而提高企业的技术水平和创新能力，保证企业可持续发展。 本文主要研究政府应该如何对企业进行补贴以激励研发，以及该选择何种研发机构以进行补贴。主要贡献在于： 第一、政府补贴和企业研发投入存在博弈关系，因此建立了一个三阶段动态博弈模型，推导出实施企业研发补贴的条件以及分别在研发垄断、研发竞争环境下政府应该采取的研发补贴率。 1、在研发边际收益递增、不变情况下，企业具有研发内生动力；在研发边际收益递减时，存在特定情况，企业不具研发内生动力，政府需进行研发补贴以激励企业增加研发投入以达到最优水平。 2、企业研发垄断条件下政府研发补贴率同技术溢出效应、市场结构、技术开发难度等因素相关，且补贴率随技术溢出系数、产品的需求价格弹性和技术开发难度的增加而变大。 3、研发竞争条件下政府研发补贴率只和技术溢出效应相关，且补贴率应随技术溢出系数增加而相应提高。 第二、将上述理论具体应用于浦东新区研发补贴政策的研究上，推算得出浦东企业研发投入的补贴率应为0.7。 第三、收集了浦东新区内77家企业研发机构的基本信息，对其中可量化的指标进行分析，并讨论了定性指标，最终得出一个比较完善、可操作性较强的企业研发机构评价指标体系。 本文的意义在于不但提出了研发的最优补贴率，而且以浦东新区企业研发机构为例，构建了企业研发机构的评价指标体系，补贴率与评价指标体系相互配合，为政府制定研发补贴政策提供理论参考依据。本文，部分研究成果已经得到浦东科技局的认可。