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目的：本研究拟通过对2008~2016年内蒙古地区手足口病报告病例时间、地区、人群分布进行研究以掌握内蒙古地区手足口病的流行特征;通过对内蒙古地区2016年手足口病样本进行检测以了解2016年手足口病病原构成并且分析柯萨奇病毒A10(CVA10)代表株分子流行特征. 方法：1.应用描述性流行病学方法对2008~2016年内蒙古地区手足口病流行病学资料进行研究,分析不同地区、时间、人群流行特征.2.采用Real-time RT-PCR方法对内蒙古地区手足口病病例病原学标本(咽拭子、肛拭子)进行核酸鉴定,阳性样本进行病毒分离培养,病毒分离阳性样本采用Real-time RT-PCR和RT-PCR方法鉴定病毒的型别;对鉴定为CVA10的病毒代表株用特异性VP1基因引物扩增并测定基因序列,按文献选择CVA10各基因亚型代表株,并应用MEGA6.0软件进行CVA10基因进化分析. 结果：2008~2016年内蒙古地区累计报告手足口病例159008例,重症1160例,死亡33例;各地区年均报告病例数赤峰市最高为3203例,阿拉善最低244例,年均报告发病率乌海市最高为172.71/10万,乌兰察布最低2.27/10万;2008~2015年手足口发病高峰主要集中在6、7月,2011、2016年全年出现两个流行高峰,尤其2016年第二个流行高峰明显增高;5岁以下儿童占总报告病例数的75.46%,男女性别比为1.45∶1.2016年共检出1438份肠道病毒核酸阳性样本,EVA71、CA16、其他肠道病毒分别有416、692、330份;共分离出579株病毒代表株,EVA71、CA16、其他肠道病毒分别有170(29.36%)、301(51.97%)、108(18.65%)株.实验室最终鉴定出其他肠道病毒代表株48株,其中CVA10有28株,此外还包括CVA4(8株)、CVA6(8株)、CVB3(1株)以及Echo6(3株);基因进化分析显示内蒙古地区2016年分离的28株CVA10病毒代表株均属C基因亚型,与A、B、D、E亚型核苷酸差异率分别为22.84%~24.08%、16.91%~18.48%、17.92%~21.05%、14.22%~16.13%;氨基酸差异率为6.73%~8.41%、4.38%~8.75%、6.40%~9.09%、2.36%~4.71%,且与2012年宁夏株参考(KF999784-NX12-53/NX/CHN/2012-C)核苷酸、氨基酸差异率最小,分别为1.46%~4.26%、0.00%~2.02%. 结论：1.2008~2016年内蒙古地区手足口病整体呈下降趋势,各地区间报告发病率、发病数差异较大,2008~2015年每年发病高峰集中在夏季6、7月份,但是2016年呈明显的双峰流行(6、7月份和10、11月份),发病人群主要为5岁以下儿童且男性高于女性.2.2016年CVA16和EVA71为内蒙古地区手足口病优势病原,且内蒙古地区手足口病病原种类较多,CVA10是除CVA16和EVA71之外最多的病原.3.2016年内蒙古地区28株CVA10病毒代表株全部为C基因亚型,仅有一个进化分枝在循环流行,且与2012年宁夏株亲缘关系最近.