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利用10对SSR引物对中国香蕉种质资源圃中216个品种进行了遗传多样性分析，其中184个是国内品种，32个是引自INIBAP的国际品种。10个多态性位点共揭示出92个等位基因，每个位点的等位基因数从5到15不等，产物片段大小在75bp到310bp之间。用Jaccard系数计算品种间的相似性，相似性数值在0.1到l之间；用UPGMA进行聚类，聚类结果显示，本实验所用的10对引物不能把所有的品种区分开，尤其是中国主栽香蕉品种。总体而言，国内品种的遗传变异小于引自INIBAP的国际品种，种质资源国应进一步扩大香蕉品种的收集范围。
DNA条形码(DNA barcoding)在动物研究中已得到广泛应用，而在植物研究中尚处于对候选片段的比较和评价阶段。本实验比较了目前被提议的七个叶绿体片段(rpoB、rpoCl、rbcL、matK、atpF-H、psbK-I和trnH-psbA)及其组合策略在芭蕉属35个种84个样品中的分辨效果，另外用13个未知个体检测其对未知种的识别能力。所有片段均获得100％成功扩增，但没有任何一个单片段或组合片段能够将所用个体识别到种。当联合七个片段时，物种的正确识别率最高，综合考虑识别效果和实验成本，我们认为三个片段组合较为合理，建议采用rbcL和matK，第三个片段在非编码基因atpF-atpH、psbK-psbl和trnH-psbA中选择。
芭蕉科大部分种属于芭蕉属(约65种)，而且长期以来其属下分类系统颇具争议。采用10个叶绿体基因位点对芭蕉属30个种进行系统学分析，分子证据支持将染色体数目x=11的Musa和Rhodochlamys组合并为一个组，而x=10/9/7的Australimusa、Callimusa和Ingentimusa组合并为一个组。应用11个核基因位点对Musa组和Rhodochlamys组16个种进一步分析，呈现出较叶绿体基因明朗的分支关系，Macuminata的7个亚种形成一个单系，而Rhodochlamys组的物种总体被包含在Musa组形成的大框架中，因此核基因联合分析的结果进一步支持将这两个组合并的观点。