本文以新制度经济学、产权经济学、企业理论和财务理论为依据,采取规范分析和实证分析相结合、定性分析与定量分析相结合、比较分析与综合归纳相结合的方法,对我国民营上市公司的股权结构与公司治理的关系展开研究:首先阐述了公司治理的基本理论,并论证了产权、股权结构与公司治理的内在逻辑关系，并在此基础上对我国民营上市公司股权结构与控制方式的特征及其对公司治理机制的影响进行了分析,并探讨了我国民营上市公司治理所面临的核心问题,并指明了我国民营上市公司治理改革的方向;然后实证检验了我国民营上市公司的股权结构与公司价值的关系。经研究发现:我国民营上市公司的股权结构、控制方式是决定公司治理效率的重要因素。我国民营上市公司的金字塔控制结构使得控股股东掏空上市公司的行为具有较大的隐蔽性,加大了公司治理的难度,降低了公司治理的效率;我国民营上市公司治理的关键是控股股东与中小股东之间的核心代理问题,在法制不健全,外部监督不力的情况下,控股股东会利用其控制权谋取私人收益,侵害中小股东的利益,降低了公司的价值;我国民营上市公司高度集中的股权结构,以及所有权和控制权的高度偏离不利于公司价值,所有权与控制权的分离程度越高，控股股东获取控制权收益的动机就越强,其对中小股东利益的侵害程度就越大。最后根据我国民营上市公司的股权结构、控制方式对公司治理机制和公司价值的影响,提出了完善我国民营上市公司治理的制度设计。