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遗传连锁图谱构建和主要性状QTL分析是植物基因组学研究的重要内容和基础。“农大1号”板栗是通过快中子辐射诱变选育的优良品种，本研究以其无性系1115为母本的半同胞群体为作图群体，利用RAPD标记，围绕板栗分子遗传图谱的构建，进行了板栗基因组DNA提取方法的改进、适用于板栗的RAPD标记体系的建立以及标记的分离分析等方面研究，最终构建了板栗分子遗传图谱，并对其主要性状进行了OTL定位分析。主要结果如下：
1、适合RAPD标记的板栗基因组DNA提取方法板栗组织中富含多酚类、糖类以及单宁类等次生代谢物质，保温时易氧化，因而难以提取比较高质量的DNA，本实验用改良CTAB方法对板栗幼嫩叶片提取DNA，在CTAB溶液中加入抗氧化剂3％PVP和2％β-巯基乙醇，产物的质量可达到实验技术的要求，提取的DNA呈无色透明状，无褐化现象。如需使用成熟叶片提取DNA，可使用加入抗氧化剂3％PVP和2％β-巯基乙醇的3xCTAB，一样可以得到较好的效果。
2、适合遗传图谱构建的RAPD标记技术的建立对影响板栗RAPD各因素逐一设置多个水平进行试验，选出适合其扩增的最优体系和程序如下：20ul反应体系中含有2uL 10×反应缓冲液(200mM Tris-HCl(pH8.4)；200mM KCl；100 mM NH4SO4；15mM MgCl2)，0.35umol引物，dNTPs各为0.2mM，0.35μM Primer，1.2U TaqDNA聚合酶，10ng模板DNA。94℃预变性5min之后进入循环，每个循环94℃变性30s，37℃退火45s，72℃延伸90 s，维持40个循环。循环结束，72℃延伸7min，4℃ 15 min后取出置于冰箱备用。
3、作图群体RAPD引物筛选及分析对S型随机引物S1-S520 435个，S1001-S2060 420个共855个引物作PCR扩增，进行筛选，从中筛选出带型清晰、具有丰富多态性的93条引物。以这93条引物对群体样品进行RAPD分析，共获得稳定的引物75条，多态性条带195条，平均每个引物可产生2.56条多态性条带。
4、板栗分子遗传图谱的构建应用105个RAPD标记，采用JoinMap(R)3.0作图软件作图，LOD=4.0，卡平方(Chi-square)跳变值≤5.0，板栗半同胞群体遗传图谱分成18个连锁群(Cm1-Cm18，其中Cm3和Cm6因无法确定连锁相，各分成两个片段，实际上是20个连锁群)，包含105个标记，图谱总长度841.1cM，标记间平均距离为8.01cM。连锁群Cm1包含的标记最多，有44个标记，最少的连锁群(Cm9-Cm18)只有2个。Cm17的平均图距最大，为43.2cM。Cm1的平均图距最小，为2.3cM。存在15个大于20cM的区间，主要分布在Cm4(2个)、Cm6(2个)、Cm7(2个)、Cm3、Cm8-Cm10、Cm12-Cm17各一个。
5、主要性状QTL连锁定位利用本研究构建的图谱，应用QTL作图软件MapQTL®4.0，采用Kruskal-Wallis单因素方差分析和区间作图法对“农大1号”板栗主要性状进行了QTL定位分析。共检测到105个板栗重要性状的OTL，分布于图谱相对应的18个连锁群上。同类性状的QTL分布都相对集中，如树高和冠幅性状的QTL主要分布在5个连锁群，即Cm1、Cm2、Cm3a、Cm6a、Cm12和Cm18。这种同类性状的QTL相对集中的现象，与同类性状间表型相关比较密切这一结果基本吻合。控制的枝条年生长量、冠幅年生长量和叶片长宽的QTL有不少可单独解释20-60％的表型方差，推测为主效基因，拟进行精细定位，进而进行图位克隆，同时拟进行分子标记辅助育种(MAS)，培育出板栗优良品系。