知识经济时代和科教兴院发展战略的要求，使医院科研管理成为一个重要的课题。医院科研管理是对人、财、物等有限资源进行合理配置，最大限度地实现研究任务，提高医院的科研实力，从而实现一个好的科研绩效。科研活动是一个多参量投入和多参量产出的开放系统，对其绩效的评价日趋复杂。如何做好科研绩效的评价，已成为当前医院科研管理中亟待解决的问题。 本文通过对上海某医科大学附属医院1999-2004年医师类、研究类人员的科研投入和科研产出资料进行分析，应用系统论的观点，遵循综合评价的科学程序，并在专家咨询的基础上，建立一套医院科研绩效评价指标体系。应用多种统计学方法从单因素和多因素两方面探讨科研投入的各个指标对科研产出的影响，并用投入产出比模型对调查对象6年的科研绩效进行综合评价，试图证明综合评价技术的可行性，为国内同类医院的科研管理提供一些经验，促进医学科研管理工作的发展，提高管理水平。 主要结果： （1）以评价指标体系为基础对医院的科研绩效进行评价，计算方法具有稳定性和可靠性，由于评价指标的收集简单、易行，也说明了评价指标体系具有可操作性，有一定的实用价值。 （2）逻辑回归分析结果，职称、学历、经费对科研产出都有显著作用。 （3）用两个投入产出比模型综合评价A医院的科研绩效，科研效益指标曲线的趋势呈波状变化。 主要建议： （1）树立科研绩效管理理念。 （2）建立科学的科研绩效评估体系。 （3）加大科研投入，促进科研产出。 （4）建立合理的科研平台，提高医院科研绩效。 （5）营造医学研究文化氛围，提高参与科研活动的积极性。 （6）加强科研管理队伍建设，提倡创新型管理。