猪TIM1和TIM3基因的特征与功能分析

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CD4~+T细胞遇到抗原激活后至少分化为两类效应细胞Th1和Th2。Th1细胞分泌以IFN-γ为标志的细胞因子并介导细胞内病原体的免疫应答,它的紊乱可导致迟发型超敏反应、自身免疫疾病如实验性自身免疫性脑炎和I型糖尿病。Th2细胞分泌以IL-4为标志的细胞因子并介导细胞外病原体的免疫应答,它的紊乱可导致哮喘和过敏性疾病。Th1细胞和Th2细胞相互之间存在着互相调节,当Th1细胞比例占优时可以调节哮喘以及过敏性疾病,Th2细胞比例占优时可以抑制自身免疫性疾病。研究表明TIM1和TIM3分别是调节Th2细胞和Th1细胞的重要基因,此外TIM1和TIM3基因还存在与哮喘和过敏症等疾病相关的多态位点。因而TIM1和TIM3基因的表达调控和功能对Th1与Th2细胞之间的相对平衡以及机体的免疫力具有重要影响。本研究通过生物信息学和比较基因组学方法克隆了猪TIM1和TIM3基因的完整编码区,利用分子生物学和细胞生物学技术,从核酸序列及细胞两个水平上对其特征进行了研究,主要取得了如下研究结果:(1)通过生物信息学和比较基因组学克隆了猪TIM1基因和TIM3基因的完整CDS区,TIM1和TIM3都位于猪第16号染色体上而且彼此紧密相连。经预测TIM1包括一个1050bp的开放阅读框,编码蛋白349个氨基酸残基,推测其有8个外显子和7个内含子。TIM3包括一个852bp的开放阅读框,编码蛋白284个氨基酸残基,推测其有7个外显子和6个内含子,外显子和内含子之间序列衔接遵循GT-AG规则。(2)组织表达谱显示TIM1 mRNA在正常各个组织中表达均比较低,而TIM3mRNA在各个组织中表达高低不等。TIM1和TIM3 mRNA在脾中表达都相对最高,而在肌肉中几乎都不表达。(3)亚细胞定位结果显示TIM3蛋白定位于细胞膜上。(4)在TIM3基因的第2、第3、第5、第7以及启动子上发现了多个SNP位点,并在第2外显子的一个SNP位点上应用AccI-RFLP方法在温氏群体中进行检测,发现该位点与红细胞计数(RBC)显著相关(P=0.0409),与平均红细胞血红蛋白量(MCH)显著相关(P=0.0294);对于17日龄仔猪,该位点与红细胞计数(RBC)极显著相关(P=0.0089),与红细胞压积(HCT)显著相关(P=0.0168);对于32日龄仔猪,该位点与淋巴细胞(%)(LYM)极显著相关(P=0.0048),与淋巴细胞绝对值(LY)显著相关(P=0.033)。(5)克隆了猪TIM3基因5′侧翼区大约2000bp片段并构建到PGL3-Basic载体中。
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