理解和预测气候变化和人为扰动对土壤微生物及其生态系统服务的影响是一个重大的挑战和机遇。目前大多数研究主要集中于自然生态系统,对于大尺度下农业生态系统的研究还相对较少。本实验以水田和旱作农田为研究对象,在中国东部选取25个成对分布的玉米田和水田,进行模拟气候变化和人为扰动实验,探究不同农田细菌群落及生态系统功能对扰动的响应模式。增温处理下玉米田和水田中细菌群落的alpha多样性均没有显著变化,但玉米田中细菌群落的beta多样性显著增加。通过群落分析发现水田细菌群落结构变化幅度较小,表明水田细菌群落具有更高的稳定性。此外,玉米田中土壤氮固定、硝化、反硝化以及有机磷矿化等相关功能基因丰度显著降低,但水田碳、氮、磷循环相关功能无显著变化。群落构建零模型分析表明增温使玉米田中随机性过程比例增加,但水田中随机性过程比例基本维持不变。干湿交替处理下玉米田和水田细菌群落的alpha多样性均显著降低,且玉米田中alpha多样性变化幅度更大。与对照相比,干湿交替增加了玉米田细菌群落的beta多样性,但水田中则呈现相反的趋势。此外,处理组与对照组之间的群落差异度（Bray-Curtis距离）与年均温呈显著正相关,表明在温暖的地区细菌群落更易发生变化。除功能基因AOB丰度在玉米田和水田中无显著变化,其余碳、氮和磷循环相关的功能基因丰度均显著降低。功能基因抗性分析表明水田中碳、氮和磷循环相关的功能基因具有更高的抗性且多功能性抗性亦呈现该趋势。群落构建分析表明干湿交替增加了玉米田中细菌群落随机性过程的比例,在水田中则呈现相反趋势。养分添加处理下,玉米田中细菌群落的alpha多样性在P和NP添加下显著降低,而水田中alpha多样性在N和P添加下显著增加。对于细菌群落beta多样性,玉米田在N、P和NP添加下均显著增加,而水田在N和P添加下显著降低。共发生网络分析表明P和NP添加分别增加了玉米田和水田中细菌间的相互作用。此外,养分添加显著增加了碳循环功能基因,以及氮固定（nif H）与硝化作用（AOA/AOB）相关氮循环功能基因丰度,而反硝化相关（nir S）功能基因则呈相反趋势。功能基因抗性分析表明水田中碳、氮、磷循环相关的功能基因在养分添加下具有更高的抗性,多功能性抗性分析亦证实了该结论。对于群落构建过程,玉米田中养分添加均较小程度地增加了随机性过程,而水田在N、P添加下随机性过程有较大程度地降低。本实验系统地阐述了气候变化和人为扰动对农田细菌群落及生态系统功能的影响,揭示了水田细菌群落和生态系统功能对扰动具有更高的抗性,为预测农田生态系统土壤微生物和生态系统功能对未来复杂环境变化的响应提供了理论依据。