草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus, GCRV)引发草鱼病毒性出血病，是危害性极大的草鱼病原体。该病毒基因组由11条双链RNA组成，共编码7个结构蛋白和5个非结构蛋白。GCRV的感染使宿主细胞出现细胞融合、凋亡、应急颗粒产生等病理变化。全长cDNA测序技术(Full-length amplification of cDNA, FLAC)是dsRNA病毒准确、高效的基因组测序方法，广泛应用于水生呼肠孤病毒基因组研究。双向电泳和质谱鉴定相结合的蛋白组学方法是研究病毒与宿主细胞相互作用机理有效的手段。本文利用FLAC技术、real-time RT-PCR、蛋白组学方法等对以下四个方面进行研究：1.从江西采集的患病草鱼中分离GCRV病毒，利用FLAC技术扩增得到其部分基因的全长cDNA序列，Blast比对显示其分别与GCRV-873和GCRV-GD108同源性为99%，揭示了我国草鱼主要养殖区存在两株同源性较低的GCRV毒株，分别命名为GCRV-JX01和GCRV-JX02；混合感染所占疫情的比例为55%，高于单一毒株感染（30%）。2.通过无限稀释法和RT-PCR分离纯化两株病毒，利用real-time RT-PCR分别比较了两株GCRV单独感染和混合感染时在细胞和上清中的复制效率差异。结果显示：在细胞中，混合感染时GCRV-JX02的复制效率高于单独感染，GCRV-JX01较单独感染时则降低，但两株病毒均能正常复制扩增；在上清中，两株病毒的复制效率较单独感染时无显著变化。鉴于两株病毒进化关系较远，通过鱼体注射灭活疫苗，运用Dot-blot和荧光定量方法监测病毒复制水平，证明针对其中一株病毒产生的抗体不能识别另一株病毒，即两株病毒无免疫交叉保护。3.通过双向电泳技术鉴别宿主细胞（CIK）在GCRV-JX01感染6h、12h和24h后与未感染组的蛋白表达差异点，其中选取23个表达量上调大于3倍的差异点进行质谱鉴定，并归纳了这些蛋白质发挥的生物学功能：细胞骨架（31%）、细胞应激颗粒产生（9%）、信号传导（13%）、能量代谢相关（13%）、泛素化信号通路（17%）和其它未知功能蛋白（17%）。4.克隆GCRV-JX01的NS16、NS31、NS38、VP6和VP7基因，并用Western-blot技术验证其在CIK细胞中的表达。亚细胞定位结果显示：NS31分布于整个细胞，在特定部位高表达；NS16分布于细胞质中，在特定部位高表达；NS38、VP7和VP6均匀分布于细胞质中；单一转染5个重组质粒均不产生明显的细胞病变效应。本研究首次报道了GCRV的混合感染，为混合感染的检测和草鱼出血病流行病学调查提供新方法；对目前免疫防控策略的制定和疫苗的研发提供新思路，对GCRV与宿主细胞相互作用机理和各编码蛋白的生物学功能研究提供参考。