珠江流域为我国南方最大的淡水生态系统,也是我国重要的渔业生产基地,其资源总量在我国占据了十分重要的地位,但近年来随着经济的增长、过度开发以及非法捕捞等因素使得渔业资源急剧衰退。鲤科鱼类中最大的一个亚科便是鮊亚科且为东亚地区所特有,在我国大部分地区都有着广泛的分布,我国也因此被视为鮊亚科分布的中心。珠江流域中分布的鮊亚科种类繁多,具有重要的经济价值,如广东鲂,海南红鲌等。鱼类早期资源作为江河鱼类重要的补充群体,鮊亚科仔鱼占总种群比例高于30%,在保障渔业可持续发展中发挥着重要的作用。然而,由于鲌亚科仔鱼形态相似性较高,通过传统的形态方式难以实现准确的识别,各类鮊亚科仔鱼的早期资源总量估算存在偏差。因此,本研究于2016年西江下游封开江段针对鮊亚科仔鱼展开周年调查,获得的研究结果共包含以下三个方面:（1）基于COI基因构建NJ树建立鮊亚科鱼类分子识别体系（实验方法及鉴定精确度通过COI基因在?种内序列多态性分析中得到进一步支撑）;（2）基于分子识别体系对封开江段鮊亚科仔鱼种类进行识别,与传统形态只能识别3类鮊亚科仔鱼相比,通过与鮊亚科COI数据库比对,发现分子鉴定方法能够准确识别11种鮊亚科仔鱼,其结果与捕捞调查的资源种类结果相吻合。（3）根据仔鱼种类识别结果,对周年仔鱼鮊亚科种群结构进行了分析,11种鱼类分子种群研究结果表明鮊亚科仔鱼优势种类为?、银飘以及南方拟?,其中,?（Hemiculter leucisculus（Basilewksy））、银飘（Pseudolaubuca sinensis Bleeker）以及南方拟?（Pseudohemiculter dispar）为主要优势种,分别占鮊亚科仔鱼34.20%、23.07%以及19.32%,其资源总量分别为1.70x10¹⁰尾,1.15x10¹⁰尾和9.60x10⁹尾。广东鲂（Megalobrama terminalis）、海南红鲌（Erythroculter pseudobrevicauda）以及鳊（Parabramis pekinensis）三种主要经济鱼类分别占鮊亚科仔鱼总量的11.14%、4.55%以及3.98%,其资源总量分别为5.54x10⁹尾,2.26x10⁹尾和1.98x10⁹尾。红鳍原鲌（Cultrichthys erythropterus）、翘嘴鮊（Culter alburnus Basilewsky）、蒙古鲌（Culter mongolicus mongolicus）、伍氏半?（Hemiculterella wui）和大眼华鳊（Sinibrama macrops）资源总量相对较低,占比均低于2%,资源总量均低于1.0x10⁹尾。本研究基于COI基因对珠江鮊亚科早期资源从种类鉴定到群落分析进行了系统的探索,其结果对珠江早期资源的保护具有重要的指导意义,为科学更加科学地指导珠江渔业管理,保障渔业资源的可持续利用提供理论依据。