采用中心产区典型群随机抽样的方法,利用12个微卫星标记分析了鲁西牛、渤海黑牛、闽南牛、牦牛、盱眙水牛和奶牛的遗传多态性。本研究中除了IDVGA-11为低度多态座位,IDVGA-55、TGLA-73为中度多态座位外,其余9个座位均表现高度多态。12个微卫星座位的等位基因数为6～16个,平均为11.9个;杂合度在0.8097～0.2492之间,平均为0.6086;多态信息含量在0.2281～0.7770之间,平均为0.5714。该六个群体在12个微卫星座位的平均等位基因数在4.92～7.75之间,平均杂合度在0.4903～0.6551之间。总群体在12个微卫星位点上的平均基因多样度为0.7979,亚群体的平均基因多样度为0.6081,基因分化系数平均为0.2379。说明在总变异中,有23.79%的变异来自群体间。由遗传距离DA、Ds构建UPGMA树表明:普通牛(鲁西牛、渤海黑牛、奶牛)和瘤牛(闽南牛)首先聚在一起,然后再与牦牛、水牛聚在一起。基于DA、δ2μ遗传距离,以每世代每座位的突变率为10-4,牛的世代间隔为7年,估计六个牛群体间的分化时间。结果表明:以δ2μ估计的六个群体的分化时间在公元前501463年～41475年间,以DA距离估计的六群体的分化时间在16450～31544年间。