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利用马氏珠母贝2个不同地理种群建立了8个家系,II.1、II-2和II-3为印度养殖贝近交家系,SS.1、SS-2和SS-3为三亚野生贝近交家系,SI.1和SI-2为三亚野生贝早×印度养殖贝♂杂交家系;分别运用RAPD引物和微卫星引物对8个家系的遗传结构进行分析。在RAPD分析中,8个家系共检测到75个位点,其中,平均多态位点比例P值近80[％],P值由大到小的家系顺序依次为:II-1>SS-3>II一2>II-3=SI-1->SS-2>SI-2=SS-1;以Shannon多样性值H作为家系的遗传多样性水平比较,II系列H平均值>SS系列的H平均值>SI系列的H平均值,其中SI.1虽有提高(0.3840),但SI-2为最低(0.2704);从家系间遗传距离看,SI家系与II系列家系间的遗传距离都在0.14以上,遗传距离是比较远的,高于大多数II系列家系之间和SS系列家系之间的遗传距离;SI家系中除SI-2与SS-1遗传距离为0.0570外,SI家系与SS系列家系间的遗传距离都在0.10以上;聚类图上清楚地表明II系列聚合在一起,SS系列聚合在一起,SI家系偏向与SS系列,也就是偏向与杂交亲本的母本SS系列。
而后应用微卫星标记对八个家系中的六个主要群体进行了遗传多态性分析。读取全部基因型,采用POPGENE32算出4个微卫星座位的哈代一温伯格平衡,以及每个座位的等位基因数、杂合度、固定指数、F-stat分析和PIC,并对六个主要家系进行聚类。结果表明,4个基因位点共获得11个等位基因,平均每个引物获得2～3个等位基因;6群体的马氏珠母贝遗传多样性为中度,其多样性程度由高到低的顺序依次为:SS一1、SI一2、II一1、II一2、SS一2、SI一1;种群内部的变异为7.43[％],种群间的遗传变异值为92.57[％];HHM19与HHM36属于高度多态位点(P>0.5),HHM20与HHM30属于中度多态位点(0.25
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