棉花作为重要的经济作物,在纺织业和食用油利用中发挥着巨大的作用。培育高产优质棉、打破棉花产量瓶颈一直是我国育种家的目标,挖掘产量相关基因具有重要意义。本研究构建了349份陆地棉种质资源的自然群体,通过10×重测序技术对陆地棉全基因组变异检测,结合两年两点共三个环境12个产量性状表型数据进行全基因组关联分析,挖掘产量性状相关SNP位点,为后续陆地棉产量性状遗传基础解析提供基础。主要结果如下:1.产量性状的变异分析和相关性分析:铃数、总生殖数、单株籽棉产量、棉柴比这四个性状在多环境下变异系数均较大,表型数据存在广泛变异。产量相关性状间相关性较复杂,株高、果枝数、果枝节位、铃数、总生殖数等多数产量相关数据与产量间呈正相关关系,汇总三个环境和BLUP值中产量性状与产量间相关性,其相关系数排序为铃数>总生殖数>铃重>果枝数>株高>铃壳重>子指>衣分。2.群体结构和连锁不平衡分析:通过平均深度为11.65×的重测序,共产生了25Tb数据和198万个高质量SNP位点,利用构建系统发育树、主成分分析和ADMIXTURE软件进行群体结构分析,综合分析结果将349份陆地棉种质材料分成3个亚群。连锁不平衡分析表明该自然群体的LD衰减距离为300kb。3.全基因组关联分析:比较MLM(PCA+K)和MLM(Q+K)两种关联模型,确定MLM(Q+K)为该自然群体最佳关联模型。对12个产量性状共鉴定出153个显著相关的SNP位点,其中47个与株高显著相关,31个铃数显著相关,39个铃重显著相关。且相比Dt亚组,12个产量性状在At亚组中关联到的SNP位点较多。本研究对陆地棉GWAS分析中基本原理和方法的探究,为后续GWAS技术在陆地棉中的应用提供参考和意见,也为陆地棉产量分子育种奠定基础。