近年来,中央提出了对公共财政改革的一系列要求,其中因素法分配专项资金以及加强专项资金的绩效评价都是改革中的重点。审计署2016年一季度的报告中称,由于传统资金分配方式存在的问题,9.7亿专项资金长期“趴在账上”。农业专项资金作为一项与自然资源结合最为紧密的专项资金,长期以来都存在着投入分散化、碎片化的缺点,针对这些缺点,农业专项在资金分配方式的改革中引入了因素分配法。在这样的背景下,这种新的资金分配方式带来了新的问题,传统的绩效评价方法对于新的资金分配与管理方式并不完全适用,不再能够全面、科学的反映资金使用成效,因此,亟须建立新的绩效评价体系。本文的研究目的,就是针对传统绩效评价方法对因素分配农业专项资金不适用的问题,尝试通过对平衡计分卡模型的改进,搭建适用于因素分配农业专项资金的绩效评价指标体系,并将其运用于实践,提出支撑该体系的配套措施。本文通过对传统绩效评价方法的研究,结合因素法分配的农业专项资金特点、难点,提出了建立以平衡计分卡方法为核心的,更加适用于因素法分配的农业专项资金的绩效评价体系。根据公共财政预算资金的特点,将平衡计分卡方法原有的四个维度,转化为服务对象、分配机制体系、投入成效和战略规划,并提出了细化指标、量化计分的方法。之后,以2014年南京市农业生态补偿专项资金为例,对平衡计分卡绩效评价方式进行了验证,得到了平衡计分卡绩效评价方法确实比原有绩效评价方法更加科学全面的结论。最后,根据在验证过程中发现的问题,提出进一步完善因素分配法的农业专项资金绩效评价的建议。本文共分五章。第一章是综述,主要包括国内外财政绩效评价理论研究相关文献介绍和国内外财政绩效评价的部分案例分析。第二章分析以因素分配法进行分配的农业专项资金与其他农业专项资金的不同特点,发现现有绩效评价方式的不足。第三章是构建模型,引用平衡计分卡绩效评价方法,提出新的评价方法,构建科学的财政资金绩效评价框架。第四章是案例分析,结合南京市生态补偿专项资金的实际情况,通过多种方法确定绩效评价的指标、分配权重,构建量化体系。第五章是结论,结合南京市生态补偿专项资金绩效评价的案例分析,提出完善财政资金绩效评价方法相应的对策。本文的创新点在于,针对因素分配农业专项资金的特点,引入平衡计分卡方法,搭建一个较为科学的财政专项资金绩效评价体系,并将其运用于实例,提出完善财政专项资金绩效评价方法的相关建议。