大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)属鲤形目、鳅科、副泥鳅属，广布于中国、日本和东南亚等国家，具有重要的使用价值和药用价值。我国每年都出口大量的大鳞副泥鳅，日本、韩国需求量较大。然而随着大鳞副泥鳅资源的进一步深入开发，再加上自然水域环境受到人为的破坏，大鳞副泥鳅的生产量逐年下降。如何合理开发和保护我国现有大鳞副泥鳅资源已成为维护其产业可持续发展的关键。本研究通过对黄河流域不同地区大鳞副泥鳅线粒体的12S rRNA、16S rRNA、CO1基因片段的PCR扩增、序列测定和软件分析，从序列变异和遗传多样性、种群遗传结构和系统地理以及种群动态三个方面进行分析。希望能为今后的资源保护及其渔业管理提供理论依据。大鳞副泥鳅12S rRNA基因片段长度为398bp，在28个个体中检测到7个单倍型，总群体单倍型多样性指数（HD）0.442，核苷酸多样性指数（Pi）0.00214，平均核苷酸差异数（K）0.849；16S rRNA基因片段长度为621bp，在32个个体中检测到16个单倍型，总群体单倍型多样性指数（HD）0.847，核苷酸多样性指数（Pi）0.00683，平均核苷酸差异数（K）3.530；CO1扩增片段长度为655bp，检测的28个个体中共获得14个单倍型，单倍型多样性指数(H)为0.757，平均核苷酸多样性指数（Pi）达0.0032，平均核苷酸差异数（K）2.108。16S rRNA与CO1对大鳞副泥鳅遗传多样性的检测高于12S rRNA的检测。对3个群体的遗传结构进行检测表明，黄河流域大鳞副泥鳅群体不存在显著的群体分化。三群体间12S rRNA分化系数Fst达0.1574（p>0.05），基因流为6.5842；AMOVA检测显示92.36%的遗传差异存在于群体内部，7.64%的遗传差异存在于群体间。对于16SrRNA，三群体间分化系数Fst达0.2427（p>0.05），基因流为20.1516；AMOVA检测显示84.42%的遗传差异存在于群体内部，15.58%的遗传差异存在于群体间。COI三群体间分化系数Fst达0.1591（p>0.01），基因流大于4。AMOVA检测显示91.65%的遗传差异存在于群体内部，而8.35%的遗传差异存在于群体间。三地区大鳞副泥鳅交流较为充分。聚类分析和单倍型网络关系图证实黄河流域山西临汾，河南新乡及山东济南三地区大鳞副泥鳅群体并无显著地理分化，且享有共用单倍型。Arlequin3.11软件计算的黄河流域大鳞副泥鳅三群体中三种分子标记的Tajima’s D和Fu’s FS值不统一，黄河流域三群体大鳞副泥鳅是否种群扩张有待进一步研究。由此我们总结为：我国黄河流域大鳞副泥鳅的遗传多样性为高的单倍型多样性与低的核苷酸多样性；种群间出现了遗传分化但并未达到种的分化；各地理群体间存在着广泛的基因交流，不存在显著的地理差异；无种群扩张趋势。山东济南的遗传变异较山西临汾和河南新乡的变异高。