在病原菌侵染植物中，经常可以观察到叶片组织的萎黄症状，这很可能是由于叶绿体的降解导致。而且有越来越多的证据表明在病原菌侵染过程中叶绿体起着很重要的作用。尽管大部分的细胞器和细胞结构的降解都是依赖自噬进行的，但自噬在病原菌导致的叶绿体分解代谢中所起的作用还很少报道。在本研究中，发现自噬在非致病性病原菌Pst DC3000(AvrRps4)侵染过程中能够介导叶绿体的降解。在定向表达叶绿体基质CT-GFP(stroma-targeted GFP protein)蛋白的转基因拟南芥植株叶片中，发现在侵染Pst DC3000(AvrRps4)后在液泡中可以发现很多带GFP荧光的降解小体，并且这些小体可以同时被自噬荧光染料LTR染色。但在atg5-1自噬突变体叶片中不能发现这些带荧光的降解小体。在正常光照和弱光照植株中叶绿体数量存在差异，利用这种特性，将野生型WT和自噬突变体atg5-1分别在正常光照下和弱光照下培养，然后用病原菌侵染后检测相关基因的表达量变化差异和抑制病原菌的能力。实验证明，在非致病性病原菌侵染过程中，叶绿体是依赖自噬途径降解的，且这种依赖自噬的叶绿体降解对抑制病原菌方面起着重要的作用。在非致病性病原菌Pst DC3000(AvrRps4)侵染过程中，自噬在叶绿体的降解过程中起着重要作用。而且通过自噬介导的叶绿体降解可能是活性氧(ROS)和病原菌响应信号分子的主要来源，并诱导防御反应。