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[目的]探讨HIV-1感染者亚型的分子流行病学特征和HIV-1Vpr基因的多态性及其临床意义。[方法]研究对象来自我国“十一五”HIV/AIDS抗病毒治疗队列一(即初治患者)。提取323例HIV-1感染者血浆HIV-RNA,采用RT-PCR的方法对Vpr基因进行扩增、测序。利用Contig Express软件、Bioedit5.0软件、美国拉莫斯国家实验室Los Alamos网站上的HIV databases, ClustalW软件、Mega4.1软件,构建系统进化树、鉴定病毒亚型并与Env/Gag基因分型结果进行比较、比对氨基酸序列。收集患者在基线和治疗48周时的临床数据信息(包括性别、年龄、传播途径、CD4+T淋巴细胞计数、HIV病毒载量、血肌酐、肾小球滤过率eGFR>肌酐清除率Ccr)。分析我国HIV-1感染者亚型的分子流行病学特征和HIV-1Vpr基因的多态性及其临床意义。[结果]1.我国HIV-1感染者亚型的分子流行病学特征我国HIV-1感染者以男性为主占74.7%,年龄18-49岁的感染者占87.0%,主要流行株为CRF01_AE亚型占46%,同时有BC亚型(28%)(包括CRF07_BC亚型(19%)、CRF08_BC(9%))、B亚型(23%)、CRF03_AB亚型(2%)及C亚型(1%),其中CRF01_AE亚型主要分布在北京、上海、广州,BC亚型主要分布在云南,B亚型主要分布在河南。本研究中,性途径为主要传播途径占83.0%,其中异性传播占43.0%,同性传播占38.3%,异性传播：同性传播大致1：1。同性传播以CRF01_AE亚型为主,血液传播以B亚型为主。合并HBV感染的共感染率是15.0%。采用HIV-1Vpr基因对我国HIV-1毒株进行分型与Env/Gag基因分型结果一致性高达95.3%,且操作简单、方便,经济。2.不同HIV-1亚型对抗病毒治疗临床疗效的影响在治疗基线时,CRF01_AE亚型感染者的CD4+T淋巴细胞计数显著低于其它亚型(P=0.007)。治疗48周时CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B亚型感染者均出现CD4+T淋巴细胞计数升高、血浆HIV-1病毒载量显著下降,但不同HIV-1亚型抗病毒治疗临床疗效间无显著差异。3.我国HIV-1感染者Vpr基因的多态性及其临床意义我国HIV/AIDS初治患者HIV-1Vpr基因氨基酸保守位点所占比例为41.7%,变异位点较为分散,C末端变异较N末端明显。我国HIV-1感染者Vpr氨基酸序列第77位为谷氨酰胺(Q)的比例高达81.7%,与国外研究报道的该位点多为精氨酸(R)不同。我国HIV-1感染者Vpr氨基酸序列R85P和Q86G变异者基线CD4+T淋巴细胞计数显著低于未变异者而血浆HIV-1病毒载量显著高于未变异者(均P<0.05)；A89G变异者基线及治疗48周时CD4+T淋巴细胞计数显著低于未变异者(均P<0.05)；184L变异者基线血浆HIV-1病毒载量显著低于未变异者,治疗48周时CD4+T淋巴细胞计数显著高于未变异者(均P<0.05)；E55A变异者基线CD4+T淋巴细胞计数显著高于未变异者(P=0.038)。[结论]该研究提出使用HIV-1Vpr基因进行我国HIV-1毒株基因亚型分析准确度高、方便、经济。我国HIV-1感染者以男性为主,CRF01_AE亚型为主要流行株,性途径为主要传播途径,同性与异性传播比例大致相当。CRF01_AE亚型感染者疾病进展快,不同HIV-1亚型对抗病毒治疗临床疗效无影响。我国HIV-1感染者Vpr基因R77Q氨基酸位点变异频率远高于国外报道,R85P、Q86G、A89G和E55A变异可能与疾病进程有关。该研究不仅揭示了我国HIV-1感染者亚型的分子流行病学特征和HIV-1Vpr基因的多态性及其临床意义,而且对于指导我国HIV-1感染者的疾病监控、指导疫苗研发、提供潜在的治疗干预手段都有着重要意义。