蛋白质的研究是生命科学研究的基础和重大核心问题之一。对于蛋白质结构的研究，一直是热门的课题。研究蛋白质的功能要深入了解它们的结构，特别是空间结构，因为结构决定功能。生命的功能和它的结构，二者是统一的。有什么样的结构必定有什么样的功能，反之亦然。 本文首先研究了神经网络的基本理论及相关的网络模型；同时对蛋白结构预测技术进行了归类和系统的分析与研究，阐明了神经网络理论用于蛋白质结构预测的可行性和内在潜力；在此基础上，本文重点研究了BP神经网络算法，针对蛋白质二级结构的预测，建立了基于结构分类的BP神经网络算法模型和基于同源家族分类的BP神经网络算法模型，并进行了实验验证。理论分析和实验证明BP神经网络算法模型的蛋白质二级结构预测结果确实好于其它方法。