能否准确测度和探究不同类型主体功能区的城乡发展差距特征及其成因，是调控城乡差距、建立不同类型主体功能区城乡统筹发展机制的关键。因此，本论文基于不同类型主体功能区的城乡发展差距表现特征不同，城乡差距的成因机理也存在差异的研究思路，对城乡发展差距研究的相关理论与方法进行了文献总结与回顾，明晰了城乡发展差距的内涵及外延;在此基础上，构建了不同类型主体功能区城乡差距的理论分析框架，建立指导城乡发展差距研究的理论依据和方法体系;结合主体功能区的类型划分，总结了全国城乡发展差距的空间分异特征;分别对优化开发区、重点开发区及限制开发区的相关典型案例区展开了进一步研究，分别构建了不同类型主体功能区城乡发展差距演化的机制分析框架，并结合案例区，分别探讨了其各自城乡发展差距的时空特征和成因机理;在此基础上，归纳了不同类型主体功能区城乡发展差距的时空演化规律、成因机制及相关政策含义。论文主要结论如下:　　(1)从不同类型主体功能区城乡人均收入水平差距的横向比较研究中，可以得出城乡发展差距从大到小依次为重点生态功能区、农产品主产区、重点开发区及优化开发区，城乡发展协调度从大到小排序则正好相反。对城乡差距、协调发展水平与区域经济发展水平的秩相关关系进行了定量测度评价，发现现阶段不同区域城乡差距、协调发展水平与区域经济发展水平密切相关，基本表现为区域经济发展水平越高的区县，城乡差距通常较小，城乡协调发展水平则通常比较高。按城乡发展差距的发展水平阶段来看，不同类型区域的城乡发展差距基本上符合“倒U”型演化规律。其中，优化开发区处于倒U型曲线的下降阶段，重点开发区则处于中心极化的极值点区域左右，限制开发区则仍处于扩大阶段。　　(2)构建了优化开发区城乡发展差距演化的机制分析框架，认为中心城市的辐射和功能外溢、区域投资环境以及体制机制创新等3方面是影响优化开发区城乡发展差距的关键因素。对国家级优化开发区珠江三角洲地区城乡发展差距的案例分析结果表明，珠三角地区总的城乡发展差距近年来是在不断缩小的。现阶段珠三角通过中心城市向周边腹地区域的功能辐射和经济外溢，区域基础设施的网络化均衡化发展，以及周边县乡改革创新速度的加快等三个方面，吸引资本从中心城市向周边县乡的转移，从而促进了珠三角地区城乡之间差距的缩小或城乡一体化发展。　　(3)从对国家级重点开发区武汉城市圈案例分析的结果表明，武汉城市圈城乡发展差距的平均水平要高于珠三角地区，目前仍处于中心集聚作用力大于扩散作用力的阶段。城市圈各区县城乡差距格局呈现明显的中心-外围圈层式差异格局，即外围区域区县的城乡发展差距往往较高，外围区域地方中心城市的城乡发展差距次之，城市圈中心城市城乡发展差距较小。并且呈现出中心城市一城独大，其他城市发展不足的空间梯级格局特征。发展基础本底是造成城市圈城乡发展差距空间分异的原始基础性因素;政府政策的城市偏向性是造成城市圈城乡发展差距形成及难以消弭的重要制度性因素;各类要素在市场机制作用下按照趋利避害的原则不断向城市圈中心城市流动集聚，加速了城市圈城乡发展差距的演化进程，并加剧了城市圈的城乡差距程度。　　(4)结合限制开发区典型案例区——普定县的城乡发展差距分析，认为普定县城乡发展差距兼有农产品主产区和重点生态功能区的双重属性特征，其城乡发展差距表现为区域整体发展落后，“三农”问题突出以及城乡发展差距较大的特征。水土资源组合条件、特别是土地资源条件较差是其城乡发展长期处于贫困状态的重要外在因素之一，丰富的能源矿产资源和旅游资源也未能带动普定县城乡经济的快速发展;收入来源单一、消费物价水平高、产业发展弱、基础设施建设落后是造成普定县城乡整体发展水平较低、城乡发展差距较大的重要内在因素;扶贫政策的着力点或者相关体制机制不畅造成了长期以来的扶贫政策难以从根本上改变普定县区域整体发展落后以及城乡发展差距较大的状况。　　(5)我国不同类型主体功能区城乡发展差距是区域发展本底、政府调控以及市场机制等3方面共同作用形成的结果。其中，区域发展本底是影响区域城乡发展的基础性因素，除去客观的本底差异之外，在特定区域资源禀赋、社会经济和技术条件一定情况下，政府决策偏好和调控能力以及市场作用机制则是促使区域城乡发展差距演变的核心。对不同类型主体功能区城乡发展差距成因机制的政策含义进行梳理，认为各地区应根据自身发展条件、特点，因地制宜地选择多样化的城乡发展模式，正确发挥政府的合理引导作用和市场在资源配置上的主导作用，促进不同类型区域的城乡统筹发展。