航天研究院（下称研究院）是涉及国家安全的重点国有企业，从创业开始已经历了50余年的发展，无论在技术上还是在航天文化的培育上，都创造了丰硕的成果。载人航天、月球探测的成功就是很好的实例。但随着外部环境的快速变化以及全球化、市场化发展的趋势，作为国有独资企业的航天研究院，完善治理结构、治理机制及评价系统有较强的现实性和紧迫性。建立有效的治理结构既是所有者与相关利益者的迫切需求，也是研究院自身发展的要求。　　本文的主要工作是:(1)利用SWOT分析方法，对航天研究院治理现状进行了分析，得出18个问题现象。并通过逻辑分析，推导出目前制约航天研究院科学发展的三大问题，即行政型治理、制衡机制不完善、高管履职压力不足等。(2)借鉴战略地图分析方法和闭环控制理论，设计了航天研究院治理地图模型（本文称为治理地图分析方法），并应用于治理目标、策略及机制的研究。(3)根据航天研究院治理假设，利用系统分析方法建立了航天研究院治理结构模型，利用层次分析方法建立了治理评价系统模型，提出了“三步走”治理战略。　　本文的研究结论:(1)航天研究院治理与公司治理由于在产权安排上的不同，造成治理结构形式有所不同，但其治理目标是趋同的。因此公司治理结构、机制与治理评价系统可以借鉴。(2)建立闭环受控、持续改进的治理结构和评价系统，必须考虑航天研究院的历史、文化及现状。(3)提出了航天研究院的三大问题以及解决的有效途径即建立董事会及专业委员会制度。(4)建立治理结构和评价系统是完善航天研究院治理的基础。(5)本文虽然采用案例分析方法，对航天研究院的治理问题进行了研究。但由于在中国这样的企业还有很多，并且目前的治理状况与航天研究院基本相同，因此，本文的研究方法和结论也同样可以推广到其他企业。