自1988年国务院批准建立国家高新区以来，经过三十多年的发展，国家高新区日益成为所在区域乃至全国的改革排头兵、开放试验田和发展主力军。①特别是国家实施创新驱动发展战略后，一些国家高新区获批建设国家自主创新示范区，承担起自主创新的国家使命和任务，地位和作用更加凸显。管委会作为所在省、市人民政府的派出机关以及国家高新区管理机构，如何对其科学有效地开展绩效考核，对国家高新区的发展以及自主创新示范区的建设具有重要意义。显然，在推进干部人事制度改革，完善绩效考核制度，建立健全以促进自主创新为导向的考核体系的总体要求下，仅仅以传统的政府绩效考核方式来实施考核难以适应其功能定位和使命担当，而应立足国家高新区的功能定位和管委会的管理体制，运用新的理论视角，加强和完善绩效管理。究其一点，就是要围绕国家高新区的价值追求和目标，建立健全符合国家高新区管委会实际的绩效考核指标体系，为实施科学的绩效考核奠定基础。　　新公共管理理论吸收了现代经济学的理论基础，倡导政府等公共部门需要借鉴企业等营利部门的成功管理理论和办法，提出某些已经和正在被非公单位特别是企业有效使用的管理制度和做法，比如说绩效管理，不应该是独占的，封闭的，而应该是能够引入到政府部门以及第三部门的管理中去。②概括的讲，他们提出进行具体的绩效管理目标导向，在政府管制方面予以适当放松，在绩效管理目标的控制方面要做到严格明晰，无论是组织的绩效管理目标，还是个人的，都要按照要求对落实情况予以考评。长期的实践表明，新公共管理理论，对现代政府绩效管理具有较强的指导意义和现实意义。而平衡计分卡理论和关键绩效指标理论在企业绩效管理中的重要地位和作用，在新公共管理理论的大背景下，使其对政府绩效考核的指导意义和现实意义显得更为必要和突出。　　本文以东湖高新区管委会为例，以自主创新为着眼点，从新公共管理理论视角分析了东湖高新区管委会当前绩效考核指标体系中存在的问题，并重点将平衡记分卡理论、关键绩效指标设计理论运用于东湖高新区管委会绩效考核指标体系的优化，将东湖高新区管委会绩效考核的价值取向和追求——自主创新融入到指标设计过程中，从而形成更加科学可行的绩效考核指标体系，切实发挥目标引领作用，完善东湖高新区管委会绩效管理工作实践，改进东湖高新区管委会绩效工作水平，对推动组织目标的实现作出有益的探索。同时，也为其他同类高新区管委会建立健全绩效考核指标体系提供一些有益的借鉴和参考。