目的在猪QTL定位的基础上，利用比较基因组学原理和生物信息学方法分离新基因ID3和ID4；利用PCR-RFLP技术检测已知基因UCP3的多态性与脂肪沉积性状的关系；为猪的分子遗传育种奠定基础。 方法抽取大白、梅山、通城、杜洛克纯种猪及186头大白×梅山F2猪血液并提取DNA，记录脂肪沉积性状表型；利用PremierPrimer5.0软件设计引物分离猪新基因ID3和ID4，通过PCR扩增、克隆、测序及结果分析寻找多态性位点；利用PCR-RFLP技术检测猪UCP3基因多态性与重要经济性状的关系，利用SAS软件，采用单标记回归模型分析UCP3基因多态性与猪脂肪沉积性状的相关关系。 结果1、利用比较基因组学原理设计PCR引物，分离了猪ID3、ID4和UCP3三个基因的部分编码区。2、经过序列分析，发现猪ID3基因有3处框移突变。猪UCP3基因共有3处框移突变和18个SNP位点。在UCP3片段中分别包含一个SmaⅠ和一个SduⅠ酶切位点。3、UCP3片段SmaⅠ位点经PCR-RFLP分析，在186头大白×梅山F2家系中表现为AA、AB和BB三种基因型，A基因频率为0.57，B基因频率为0.43。该多态位点不符合Hardy-Wenberg平衡定律。SmaⅠ位点多态性与脂肪沉积性状中胸腰椎间膘厚、臀部膘厚显著相关；与肉质性状中的肌内脂肪、系水力和失水率显著相关。其基因效应主要表现为加性效应，等位基因型A可以降低背膘厚、失水率和提高系水力。 结论1、猪ID3基因片段与人类该基因有222/245bp一致，相似性为90％，可以认定二者为同源基因。猪ID3基因存在着丰富的碱基变异。而猪ID4与人类该基因无同源性。2、猪UCP3基因存在多态性，位于392～397bp的SmaⅠ位点多态性与脂肪沉积性状和肉质性状显著相关。因此，推测UCP3基因可能是影响猪脂肪沉积性状及肉质性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因，也可以作为猪分子标记辅助选择的候选基因。