商业银行在我国金融体系甚至在整个国民经济中都发挥着重要的作用。随着我国金融市场的日益开放和金融体制的不断改革，我国银行业面临着更加激烈的竞争。为了应对竞争和保持优势，商业银行开始更多的关注经营与管理的业绩。效率是银行综合竞争力的集中体现，又反映了社会范围内总资金的优化配置。对商业银行效率的评价研究可以为经营者管理提供一个标杆，有助于商业银行明确自己在行业中的位置，寻找差距的原因，改善效率水平的方向;还可以为金融监管机构制定相关政策和实施监督管理提供了理论依据，从而保持我国金融市场稳定与发展，促进经济的增长。　　 本文从商业银行业务运行的实际情况出发，将银行运营过程分为两个阶段，并考虑在运营过程中产生的非期望产出。文中用到的研究方法为DEA评价方法，在文中，我们构建了考虑非期望产出的两阶段DEA模型，并以我国26家商业银行为研究对象，根据其2009-2011年的年度报告获得本研究所需的原始数据。通过MATLAB7.11对26家商业银行的效率进行计算，通过对结果分析发现，本文所提出的模型较以往的相关方法能够较好地评价银行的投入产出结构，并指出有待改进的方向。　　 本文主要的创新之处有以下几点:　　 首先，考虑到银行内部运营流程包含多个中间过程，并且会伴随一定的中间产出，如果忽略这些子过程，仍采用传统的DEA方法来评价，势必会使评价的结果产生较大的偏差，而且对于管理上如何进行效率的改进也无法给予更明确的指导。另一方面，银行在运营的各个阶段会面临一些非期望的因素，如常见的“市场风险”、“坏账”等非期望的产出，对于这一类的产出，就不能用传统的“投入导向性”或者“产出导向性”逻辑来处理。针对以上的问题，本文紧紧围绕商业银行运营的实际情况，提出了一种考虑非期望产出的两阶段DEA模型来同时考虑商业银行的内部运营结构以及其在运营过程中的非期望产出。　　 其次，本文从博弈的视角，通过优先考虑某一子阶段的效率值来研究各阶段在系统整体效率最优时的表现，以考察文中所提到银行内部各子阶段的目标是否与系统整体的目标一致。　　 另外，为了考察文中所提出的模型的适用性，我们还比较了模型在不同规模收益假设情形下的评价结果。　　 此外，本文以经济危机为背景，针对5家国有商业银行经济危机后的近三年的效率进行纵向比较，进一步分析每个阶段主要影响银行效率变化的因素，对于银行不同阶段的经营管理以及长期的发展规划有着重要的指导意义，同时也更能体现出了本文所提出模型在衡量银行运营效率的适用性。