目的：本研究通过建立一套综合、全面、可操作的新型农村合作医疗保险的评价指标体系,并用这个指标体系对新疆县(市)新型农村合作医疗的运行效果进行评价分析。方法：运用Epidata3.0进行数据录入,建立基础数据库,Spss13.0对收集的数据整理分析,利用德尔菲法建立新型农村合作医疗评价指标体系,用变异系数法计算各个指标权重,通过层次分析法计算各个县(市)的综合得分,判断各县(市)新农合运行效果。结果：(1)指标体系建立：新农合评价指标体系包括四个一级指标、十二个二级指标和三十二个三级指标,一级指标为公平、效率、质量和可持续性,二级指标为社会公平、配置效率、满意度、社会支持度等等,三级指标包括参合率,贫困人口参合率等等。(2)新农合效果评价结果：从调查数据研究可以看到,综合得分排在第一的乌恰县,由一级指标可以看出公平性的贡献最大,注重公平,综合得分排在最后的是泽普县。效率最好的是额敏县,质量最好的是阿勒泰市,可持续性最好的是叶城县,53个县的平均得分是0.667。结论：管理与监督是建立有效新型农村合作医疗制度的重要环节,效果评价是新农合评价中最重要的部分,因此,建立合理、科学的评价体系是至关重要的。各个县(市)新农合运行稳定,公平性差异较小,仍有待进一步提高；整体效率偏低,主要体现在住院费用高居不下；质量处于平稳阶段,提高患者满意度是衡量质量的重要内容；可持续性不容乐观,表现在保险基金持续透支难以保证新农合的有效运行；增加财政投入,改变筹资模式,加大政策支持,针对各个县(市)的实际情况,因地制宜的提出实施方案,保证新农合制度有效运行。