本研究以鲫鱼的血液、肌肉、肝、肾为材料，采用苯酚-氯仿法、试剂盒法提取鲫鱼基因组DNA，结果表明不同方法提取的鲫鱼基因组DNA浓度在385.8-3167.5ng/μL之间，A₂₆₀/A₂₈₀比值处于1.66-1.87之间，所提取的DNA适合微卫星PCR扩增，但试剂盒法更适用于本研究。 用Crooijmans et al从鲤鱼中分离出来的17对微卫星引物（MFW14-MFW19，MFW21-MFW31）和依据鲫鱼的微卫星序列自行设计一对微卫星引物（MFW32），共计18对引物，对四种群体的鲫鱼基因组DNA进行扩增，筛选扩增带型清晰、特异性强、重复性好的引物MFW14、MFW16、MFW18、MFW24、MFW25、MFW26、MFW28、MFW29、MFW32用作结果分析，其中引物MFW18、MFW24、MFW26、MFW29可作为区分四种鲫鱼群体的微卫星标记的有效引物。 从群体内来看，9个微卫星位点中共检测到46个等位基因，其中有18个等位基因为4种鲫鱼群体所共有，8个等位基因具有种群特异性；4种鲫鱼的平均遗传杂合度在0.607-0.720之间，白鲫为0.720、红鲫为0.652、彭泽鲫为0.629、鲫鱼为0.607；平均多态信息含量在0.530-0.650之间，白鲫为0.650、红鲫为0.587、彭泽鲫为0.549、鲫鱼为0.530，由此，白鲫的遗传多样性最高，鲫鱼的遗传多样性最低。 从群体间来看，四种群体中，鲫鱼和白鲫间的遗传相似性指数最小，为0.7143，其遗传距离为0.2857，说明这两种群体亲缘关系较远；白鲫与红鲫的遗传相似性指数最大，为0.8116，其遗传距离为0.1884，这可推断白鲫与红鲫亲缘关系较近。聚类分析结果表明，4种鲫鱼分为两组，白鲫和红鲫为1个组，而鲫鱼和彭泽鲫处于另1个组。