【摘 要】
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该文应用同源模建的方法对酵母基因组的五个可译框架,通过远缘的已知结构进行模建;对两个江浙腹蛇毒的磷酯酶A的cDNA序列,通过近缘的已知结构进行模建.利用模建的结构研究它
【机 构】
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中国科学院上海生物化学和细胞生物学研究所
【出 处】
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中国科学院上海生物化学研究所 中国科学院上海生物化学和细胞生物学研究所 中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学
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该文应用同源模建的方法对酵母基因组的五个可译框架,通过远缘的已知结构进行模建;对两个江浙腹蛇毒的磷酯酶A<,2>的cDNA序列,通过近缘的已知结构进行模建.利用模建的结构研究它们的功能.该实验选用的酵母基在组中YDL117W、YOR221C、YCR033W、YPL217C和YIR035C五个可译框架与已知功能的收白在序列上没有明显的相似性.通过折叠识别方法找到了它们的远源同源蛋白.然后用同源模建软件PMODELING进行模建,在结构水平上找到一些保守残基与已知蛋白功能关键基相一致.预测结果表明这些可译框架分别有:SH3结构域的功能、丙二酸单酰-辅酶A:酰基载体蛋白酰基转移酶的功能、DNA结合结构域功能,嘌呤核苷结合功能、羟类固醇脱氢酶工能.用同源模建方法构建了江浙蝮蛇毒碱性-酸性杂合磷脂酶A<,2>-Ⅱ和中性磷脂酶A<,2>的三维结构,并对它们的结构特征做了比较分析.工作人员在三维结构水平上解释了磷脂酶A<,2>荧光光谱学研究的一些结果.工作人员还对四种江浙蝮蛇毒磷脂酶A<,2>的酶活性部位的静电势分布了分析.工作人员认为:含钙的的PLA<,2>酶活性部位周围的静电势有利于PLA<,2>与带负电荷的底物结合.
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