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牡丹（Paeonia suffruticosa Andrews.）属芍药科（Paeoniaceae）芍药属（Paeonia L.）牡丹组（Sect. Moutan DC.）植物，是多年生木本落叶灌木，其花大色艳、花香浓郁，为我国的传统名花。 长期以来，牡丹的育种工作一直是牡丹工作者的研究重点，致力于培育拥有高经济价值和观赏价值的牡丹新品种，从而满足市场需求，这对于牡丹的产业化发展具有重要的意义。由于牡丹遗传背景复杂，传统的研究方法有一定的局限性。因此，近年来，人们对开始从分子水平对其进行研究，主要集中在遗传多样性研究、亲缘关系分析和种质资源分类等。而对于用SSR分子标记构建牡丹遗传连锁图谱的报道尚未见到。因此，以牡丹品种‘凤丹’为母本，‘新日月锦’为父本，及其杂交后代F1群体120株植物材料作为本研究的试材，基于已开发的牡丹基因组SSR标记，利用JoinMap4.0软件进行结果分析，从而构建了首张牡丹SSR标记遗传连锁图谱。得到的主要结果如下： （1）从已发表的相关文献结合课题组转录组数据，共合成SSR引物705对。选取‘凤丹’与‘新日月锦’两亲本材料进行引物初筛试验。最终发现在合成的705对SSR引物中，有142对出现了清晰、多态性高、重复性好的条带，多态性率为20.14％。 （2）用142对SSR引物依次对杂交后代进行PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳，最终发现有18对引物的扩增效果并不理想，弃之不用。其余的124对SSR引物共扩增出261条具多态性的条带，平均每对引物得到多态性条带数为2.1。其中，母本所特有的分离位点有45个，父本所特有的分离位点有47个，双亲共有的分离位点为169个。 （3）统计124对SSR引物的扩增结果，利用JoinMap4.0作图软件中的“CP”模型构建牡丹遗传连锁图谱。图谱包含35个标记，作图位点率为28.2%，覆盖5个连锁群，图谱总长度覆盖牡丹基因组338.2cM，连锁群的长度范围为51.0cM～120.9cM，标记间平均间距为9.7cM，连锁群长度为29.8～120.9cM，遗传连锁图谱各连锁群含标记数从3～14个，平均每个连锁群包含7.0个标记。5个连锁群上相邻标记间距大于10cM的区间有12个。