原生生物在海洋微生物食物网能量流动和物质循环中起着非常重要的作用。分子生物学技术的发展使得我们可以将原生生物多样性及其生态功能联系起来,极大的提高了我们对海洋生态系统结构和功能的理解。传统的基于18S rDNA序列的研究无法区分环境样本中活跃和非活跃类群,而基于rRNA的测序方案更倾向于表征样本中代谢活跃的类群。因此rDNA/rRNA测序相结合的方法可以帮助我们更好的认识环境样本中原生生物群落结构及活跃类群。目前西太平洋海区原生生物多样性及群落组成的研究还很少。本研究以西太平洋和南海北部为研究海区,采用DNA/RNA高通量测序技术,并结合高效液相色谱技术、流式细胞技术及扫描电镜技术,深入研究上述海区不同粒径原生生物多样性、群落组成及代谢活性,并取得如下主要成果:（1）西北太平洋海区微微型真核生物有着很高的生物多样性,并且其多样性在空间尺度上的变化主要受到温度和盐度影响。基于DNA测序表征的微微型真核生物主要类群为 Mamiellophyceae,MAST,MALV-Ⅱ,Spirotrichea,Prymnesiophyceae 和 MALV-Ⅰ类群（占总 DNA 序列的 69.33%）;基于 RNA 测序表征的微微型真核生物主要类群为Spirotrichea,Mamiellophyceae,MAST,Pelagophyceae和MALV-Ⅱ类群（占总RNA序列的67.46%）。统计分析发现,基于DNA和RNA两种测序方案表征的微微型真核生物群落结构显著差异,而引起差异的原因主要是Mamiellophyceae,Spirotrichea和Pelagophyceae类群序列在DNA或RNA样本中的差异表达。RNA:DNA比值可用来代表OTUs代谢活性。西北太平洋 Mamiellophyceae,Spirotrichea 和 Pelagophyceae OTUs 代谢活性主要受到营养盐浓度（NO3+NO2和SiO3浓度）的调控。（2）西北太平洋弱光层原生生物多样性研究结果发现,随着深度的增加,原生生物多样性逐渐降低。DNA测序结果中放射虫类群为主导类群,但其在RNA测序结果中的相对丰度明显下降。我们推测基于DNA测序获得的部分放射虫序列可能来自于真光层沉降的死亡细胞、碎屑或休眠体。而纤毛虫类群在RNA测序结果中相对丰度显著高于其在DNA测序结果中的丰度,表明纤毛虫类群在西北太平洋弱光层深度仍处于代谢活跃状态。（3）黑潮入侵事件对南海北部海域微型及微微型真核生物的多样性影响很小,且微型及微微型真核生物群落结构主要受到深度调控。基于DNA/RNA测序方案表征的微型真核生物群落结构没有显著差异,甲藻均为主导类群。基于DNA测序方案表征的微微型真核生物主要群落为甲藻和放射虫类群,而基于RNA测序表征的主要类群为甲藻,MAST和MALV-Ⅱ群,且两种测序方案表征的群落结构显著差异。相比于大粒径的微型真核生物,微微型真核生物代谢活性更容易受到黑潮入侵影响。且微微型真核生物放射虫,MALV-Ⅱ,Pelagophyceae,Mamiellophyceae和MAST OTUs代谢活性在南海北部主要受到温度和营养盐浓度（PO4和SiO4浓度）的调控。（4）低纬度西太平洋微微型真核生物具有很高的生物多样性。虽然采样站位地理位置相距很远,但微微型真核生物多样性及群落组成并没有受到地理距离影响。基于DNA/RNA测序表征的西太平洋微微型真核生物主要群落为MALV-Ⅱ,MALV-Ⅰ,MAST和放射虫类群。MALV-Ⅱ类群处于代谢不活跃的状态,而MAST和Pelagophyceae类群则具有较高的代谢活性。