我国金融总体规模日益庞大，金融宏观调控手段不断完善，但我国的银行业体系仍然存在效益低下和大量不良贷款等问题，大量研究表明中国金融业的效率停滞不前，严重影响到我国金融业的进一步发展和增长。因此对我国金融业尤其是银行机构进行效率研究已是当务之急。 本文首先从经济学意义上的效率出发，引出金融效率的概念，并对之进行了较为详细的阐述。然后针对国有商业银行效率低下的问题，运用数据包络分析(DEA)的线性规划及指数方法对我国商业银行效率进行了测度，在分析对象的选择上除了选取了四家国有商业银行外还加入八家股份制商业银行作为分析参照，以使得国有商业银行的效率分析更加具有客观性和广泛性，又根据这12家商业银行2001-2003年的资产负债表及利润表选取了投入产出变量值，并对变量值进行了技术上的整理。紧接着对影响我国国有商业银行运行效率的各种因素进行了分析，从固定资产净值、可贷资金、人力投入三个投入变量，利息收入和非利息收入两个产出变量的角度对每个变量对国有商业银行运行效率的影响方式、程度上进行详细分析，并结合Malmquist指数对我国商业银行在效率改进方面的努力及取得成就进行了描述。最后得出了两种类型商业银行运行效率差别较大，国有商业银行运行效率、盈利模式有待改进以及所有制形式和治理机制是造成我国商业银行效率差别的重要原因等结论。笔者还结合上述分析和我国金融体制及现状，对提高我国国有商业银行运行效率提出了自己的政策建议。