中国的水环境问题日益突出，水环境的治理需要良好的区域合作机制。建立健全跨行政区合作治理机制，是中国水环境保护和水污染治理的制度基础。2007年太湖流域无锡段发生的蓝藻爆发事件，彰现出太湖流域现有的水环境治理机制存在的诸多问题。 本文以太湖流域的苏州、无锡两地合作治理太湖流域水污染为例，以深度剖析2007年太湖流域无锡段蓝藻事件及蓝藻事件之后两地合作治理太湖水污染的实际过程为基础，运用相关理论，对太湖流域水污染现状、区域合作治理中存在的问题、合作治理水环境应遵循的原则及合作机制的基本构成等进行了探讨。我们的研究认为，只有在跨行政区水污染治理过程中建立良好的合作机制，才能使跨行政区的水污染问题得到有效治理。良好的水污染治理合作机制包括了规划和管理的综合决策机制，联合监测和执法机制，责任追究机制和监督机制等。当然，水污染合作治理机制的建立不可能一蹴而就，需要在实践中不断检验，在实践中不断完善。