中国很多中小企业的发展是在企业老板或者公司某位“能人”的光环引领之下，经历多年摸爬滚打之后，取得一定的市场份额并获得行业一定的认可，得以生存发展。但是，很多中小企业在经历了多年的发展以后，由于社会、经济、信息、技术的不断发展，行业及市场需求的变化，企业运行机制、自身人员素质、结构缺陷等原因，出现了企业发展停滞不前，企业经营出现瓶颈甚至走下坡路的现象。本文以组织变革理论为研究基础，以管理机制设计构建为组织变革方法，以建立动态组织管理系统为变革目标，通过构建导向机制为指引，激励约束机制引发工作动力，监督控制机制为机制系统运行保障的动态组织管理体系达到把个人的目标、行为、利益导向符合组织的目标、行为、效益以提升组织整体竞争力的组织变革，探讨研究适合中国中小企业组织变革。同时，结合访谈法和问卷调查法分析揭示中小企业成长期发展瓶颈的管理层面根源所在，通过导入管理机制改变组织的运行模式，引导中小企业从以前的“人治”走向“组织系统运行”，摆脱由于“人治”带来的企业管理弊端，突破发展瓶颈，实现机制体系管理。并以JS公司管理系统为对象，进行演绎。