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本文对流感病毒的分子流行病学进行了研究。本研究主要内容包括：
⑴在2010年的1月至3月，针对鄱阳湖地区水禽开展了禽流感病毒的分子流行病学研究。在该地区养殖场的绿头鸭、斑嘴鸭和灰雁三个物种中总计采集1036份水禽泄殖腔拭子样品，通过荧光定量PCR检测出49份阳性样品，经过 SPF鸡胚分离鉴定，分离到4株禽流感病毒:A/Mallard/Jiangxi/1-4/2010(H3N2)、A/Mallard/Jiangxi/1-19/2010(H3N2)、A/Mallard/Jiangxi/2-5/2010(H3N2)和A/Mallard/Jiangxi/1-15/2010(H4N6)。对4株病毒进行全基因组克隆、测序和分析，结果显示：①进化分析显示，4株病毒均属于欧亚分支，3株H3N2的M基因与A/mute swan/Aktau/1460/2006(H5N1)的M基因同源性较高，核酸相似性为95.3％-97.8％，H4N6的M基因与A/chicken/Jilin/hk/2004(H5N1)的M基因同源性较高，核酸相似性为95.3％；②ML/JX/1-15/10(H4N6)、ML/JX/1-4/10(H3N2)和ML/JX/1-19/10(H3N2)分离于同一养殖场，表明在同一养殖场中存在两种亚型禽流感病毒共同流行的现象，进化分析显示H4N6亚型禽流感病毒的PB1、PB2基因替代了H3N2亚型禽流感病毒的PB1和PB2基因；③3株H3N2亚型禽流感病毒HA裂解位点序列为QTRGL，H4N6亚型禽流感病毒HA裂解位点序列为PEKASR，4株病毒具有低致病性禽流感病毒的分子特征；④动物实验结果显示，4株禽流感病毒对鸡有低致病性，对小鼠无致病性。本研究为了解鄱阳湖地区水禽流感病毒的流行情况及防控措施提供了科学依据。
⑵B型流感病毒的分子流行病学调查。在2009至2010年间，于湖北省和浙江省采集341份发热患者的咽拭子样品，通过荧光定量PCR检测出54份阳性样品，经MDCK细胞对病毒分离培养，分离到18株B型流感病毒，选取5株B型流感病毒B/Zhejiang/41/2010、B/Zhejiang/49/2010、B/Zhejiang/429/2010、B/Hubei/4/2009和B/Hubei/7/2009为代表株进行研究。对5株病毒进行全基因组克隆、测序和分析，得到如下结果:(1)进化分析显示，5株病毒发生了基因组重排，HA基因来源于Victoria系，NA基因来源于Yamagata系;(2)PA、NP与M基因的进化模式相似;PB1与PB2基因的进化模式相似;(3)与世卫组织推荐株B/Brisbane/60/2008比较， B/Zhejiang/41/2010、B/Zhej iang/49/2010和B/Zhejiang/429/2010在HA1发生了N197D突变，糖基化位点消失，可能导致病毒抗原性发生改变;(4)5株病毒NA蛋白中关键位点116、149、152、198、222、250、291和402位均未发生突变，表明5株病毒对神经氨酸酶抑制剂敏感。本研究为了解2009-2010年我国人群中流行的B型流感病毒特征及流行情况提供科学依据。