大刺鳅(Mastacembelusarmatus)隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)合鳃目(Symbranchiformes)刺鳅科(Mastacembelidae)刺鳅属(Mastacembelus)，广泛分布于中国南部地区，是进行淡水鱼类亲缘地理研究的良好材料。　　本文对采自中国南部地区14条水系的大刺鳅样本，进行Cyt6基因序列分析以及形态学测量，研究大刺鳅种群的遗传结构、分子系统发育、亲缘地理关系和形态学变异程度。结合地质历史事件，探讨大刺鳅亲缘地理格局形成的过程和机制。对进一步研究我国南部地区淡水鱼类区系的形成意义重大，并为大刺鳅种群多样性保护提供理论依据。研究结果如下：　　1.对14条水系大刺鳅种群的Cyt6基因进行测序，得到Cyt6全序列长度为1138bp，其中有196个变异位点，65个单倍型。单倍型多样性(h)为0.965，核苷酸多样性(π)为0.0263。　　2.基于Cyt6基因构建的系统发育树分析表明，中国南部地区14条水系大刺鳅种群的65个单倍型分成2大支(A和B)，其中A支又分为2个小支(A1和A2)。A1包括珠江水系的东江、西江、北江，广东东部沿海水系韩江，广西南部沿海水系南流江、钦江、防城河、峒中河，海南岛水系昌化江和云南水系元江的部分个体。A2支包括广东西部沿海水系鉴江和海南岛水系万泉河、南渡河。B支包括云南水系澜沧江和元江的部分个体。　　3.根据单倍型结果推测，东江、韩江区域可能是中国南部地区大刺鳅的扩散中心。扩散路线可能有两条：经过北江西江，进入广西南部沿海各水系，再扩散至海南岛的昌化江和云南的元江；进入广东西部沿海的鉴江，再扩散至海南的万泉河和南渡河。　　4.分子变异分析(AMOVA)表明，地理区间变异高达61.98％，而地区内种群间和种群内变异分别占28.75％和9.32％。错配分布和中性检验均表明中国南部地区的大刺鳅种群相对稳定，没有发生明显的种群扩张。　　5.对14条水系大刺鳅种群的5个可数性状、14个可量性状和10个框架结构性状进行测量和分析，结果显示不同水系大刺鳅种群没有明显的形态学分化。