新型农村合作医疗的实施旨在通过政府、集体、个体的共同努力缓解大病对农民家庭造成的冲击，提高农民的健康水平，解决因病致贫、因病返贫问题。自2003年我国开始新型农村合作医疗制度试点以来，有关新型农村合作医疗的制度设计和运行绩效问题立即引起很多学者的关注，但是现有的研究大部分是基于新型农村合作医疗起步阶段收集的资料，且以描述性分析为主，利用大样本的微观数据进行计量分析的跨时研究更是缺乏。因此，本文利用中国科学院农业政策研究中心分别于2005年和2008年对我国5个省25个县分层随机抽样调查形成的农户、村诊所、乡镇卫生院和县新型农村合作医疗办公室4份面板数据，考察了新型农村合作医疗制度在我国农村地区的实施进展、制度设计，并评价了该制度的实施对农民和农村基层医疗服务提供者的影响，分析了现阶段我国新型农村合作医疗制度在实施过程中存在的优缺点，以期为我国进一步完善新型农村合作医疗制度、推进医药和卫生体系综合改革、提高农民健康水平、实现健康面前人人平等的目标提供一些决策参考。　　 研究结果显示：(1)新型农村合作医疗的实施在覆盖面、参合率、资金使用率等方面已经取得了巨大的进展，得到了广大农民的认可：(2)一般保险中出现的逆向选择虽然依旧普遍存在于农民的参合决策中，但目前不会对新型农村合作医疗基金产生灾难性的冲击；(3)参合显著增加了农民生病后就诊的可能性。但是，本文的研究也表明：(1)2007年，新型农村合作医疗对参合住院患者的实际补偿比例平均只有15％，并且支出越多，实际补偿比例越低，难以缓解患者因大病遭受的经济风险，而其根本原因在于筹资不足：(2)新型农村合作医疗改变了参合患者对医疗机构的选择，减少了参合患者的门诊支出，且不同的补偿模式表现不同，但在当前的补偿模式下，新型农村合作医疗体系普遍面临着患者与医疗服务提供者合谋将“门诊支出”转为“住院支出”的道德风险；(3)新型农村合作医疗实施后乡镇卫生院的经营状况显著改善，但是其当前履行的职责与它在医疗卫生服务体系的目标定位存在较大的冲突。(4)新型农村合作医疗的实施对村诊所经营状况并未产生显著的影响，其根本原因在于村诊所提供的服务在农村医疗服务体系具有不可替代性。　　 基于以上研究结论，本文提出了如下政策建议：(1)提高新型农村合作医疗的筹资水平。(2)增加对贫困农村地区医疗卫生服务体系的投资力度，促进医疗卫生资源分配的公平性，提高贫困地区的医疗服务水平。(3)推进医药卫生服务体系的综合改革，控制医疗费用的不合理上升。(4)完善新型农村合作医疗补偿机制，促进新型农村合作医疗体系补偿政策的稳定性和持续性。(5)明确区分新型农村合作医疗体系管理者、服务提供者和监管者的角色。(6)充分利用农村地区的医疗服务资源，进一步完善农村三层医疗服务体系。(7)保障农民对其所消费的医疗服务以及这些药品和服务是否能从新型农村合作医疗体系得到补偿、补偿比例等问题的知情权。