本文针对传染病防治过程中对公民基本权利的影响进行分析，进而研究传染病防治与公民基本权利保护之间的关系。 传染病防治作为公共利益的要求和体现，同时又表现为一般化、普遍化的个体利益。公民基本权利是个体利益的法律表现，但同时它又是个别化、具体化的公共利益。因此，传染病防治在公民基本权利保护问题上具有二重性。一方面，两者分别代表的公共利益与个体利益，在一定程度或一定范围上是相互对立的。另一方面，两者在一定层面上也能够实现统一。这个相互统一的层面就是指两者都是合法利益，可以统一于法律承认和保护的社会整体利益，最终统一于归属已定之财产层面。因此，存在传染病防治与公民基本权利保护的协调平衡问题。这一问题，在法律上表现为法权平衡，其法理基准为法权总量的最大化。由于法理基准很难直接应用于现实生活，需要将它通过一定方式体现为现实基准加以运用。其中最主要的就是确立能够准确反映理论基准的法律基准。 在我国传染病防治与公民基本权利保护工作的实践中，在指导思想、立法、行政、司法等方面都取得了一定的成效，公共卫生应急反应机制的意识也已逐步设立。 由于我国在传染病防治与公民基本权利保护问题上还存在一定的差距，我们需要构建传染病防治与公民基本权利保护的协调平衡机制，进一步提升公民基本权利的保护水平。