改革开放以来，我国高等教育得到了迅猛发展，为我国的社会主义现代化建设事业培养了大批人才。随着时代的变化发展，我国原先的高校内部治理结构已经不适合当前时代的要求。我们必须加快构建完善现代大学制度，全面推进高等教育走内涵式发展道路。这就要求我们必须不断全面深化高校内部治理结构改革。　　然而由于我国高校对改革的切入点、改革的路径不清晰，无从下手；改革的策略不明晰，难以入手，多数仍处于观望状态，缺乏主动性和危机感。同时，高校自身内部原有的文化、思想、观念等形成改革软阻力，束缚着高校内部治理结构改革力度，制约着改革的进程。加之高校自身对改革结果预见的不确定性，强化了对风险的畏惧，抑制了高校改革的魄力。因此，我国高校内部治理结构的改革陷入困境之中。　　本研究通过对高校内部治理结构的相关文献梳理归纳，发现当前我国高校内部治理结构存在的问题主要表现在权力配置不均衡、高校章程缺失、高校缺乏职业化管理等方面，文章通过对我国高校内部治理结构改革的七个历史时期阶段的梳理，探寻对当前我国高校内部治理结构改革的启示；通过归纳，找出了当前我国高校内部治理结构改革存在内生变量不足、路径依赖凸显、以及改革的碎片化等困境，最后借鉴西方高校内部治理改革经验，从治理理念、治理结构、治理工具、治理文化等方面提出突破我国高校内部治理结构改革困境的相关对策建议。