在科技的高速发展带动及政府的支持鼓励下,中小型高新技术企业在我国国民经济发展中的重要性与日俱增。高投资、高回报、高风险是高新技术行业的特点,中小型的企业规模更加剧了风险与不稳定性,而企业内部控制的实质即在于降低企业经营风险。因此,中小型高新技术企业想要谋求稳定、长远的发展,必须重视内部控制体系的建立与完善。COSO报告和我国《企业内部控制基本规范》列明了企业内部控制基本框架,但并没有提供具体的内部控制有效性评价方法,而客观的评价是推进企业内部控制制度不断完善的根本动力。故而,本文以H中小型高新技术企业为例,通过构建相应的内部评价指标,运用层次分析法和模糊综合评价法对H公司的内部控制有效性进行评价,研究发现,H公司的内部控制有效性处于中等水平,在控制环境、风险评估、关键业务控制活动、监督机构独立性等方面具有明显缺陷。对此,本文从中小型高新技术企业管理理念,内部控制体系构建导向和重点以及独立审计机制的设立三个方面入手,提出相应内部控制改善建议,供H公司及其他中小型高新技术企业参考。