目的：本研究旨在通过对广州市和深圳市社区卫生服务机构的调查，了解城市社区卫生服务机构财务收支状况以及基本公共卫生服务项目的成本消耗，探索社区卫生服务补偿中存在的问题与不足，为有关部门制定科学合理的补偿政策提供参考。方法：采用典型抽样，选择广州市和深圳市共11个城市社区卫生服务机构作为研究对象，以问卷调查的方式收集机构基本情况、2010-2012年的财务状况以及2012年基本公共卫生服务项目的开展情况，应用描述性分析方法对相关数据的构成比、增长率等指标进行比较分析。结果：1.机构基本情况：①平均服务人口61300.7人，服务区覆盖面积为1.5-12.5平方公里，业务用房面积分布为565~3502平方米；②以有偿服务和政府投入相结合为主要经济来源方式；③54.54%的社区机构业务用房为租赁，年房租约占机构总支出的10%；所有社区卫生服务均实现医保覆盖。2.机构人员配置情况：①机构共有职工470人，其中医生136人，护士144人，医护比为0.94；平均每万人拥有全科医生1.99人，拥有公卫医师0.48人；②人员学历以本科以下为主，占72.13%，职称以初级为主，占57.87%；③以非编人员为主，占74.89%，其人均年收入为5.77万元，不到编制人员收入的50%。3.机构财务状况：①2010-2012年机构总收入平均增长速度为11.80%，支出增长速度为13.75%。业务收入占总收入70%以上，占比逐年下降，财政补助与上级补助收入所占比例分布在11.32%-47.32%之间；③业务收入中药品收入占50%以上，占比逐年减少，深圳市社康2012年药品收入比2010年减少14.04个百分点，绝对收入减少478.09万元；④深圳市有近50%的社区卫生服务机构业务收入为负增长；⑤基本公共卫生财政补助逐年增长。4.机构赢利性：①社区卫生服务机构总支出增长速度大于收入增长；②54.54%的社区卫生服务机构在2010-2012年间基本保持收支平衡或略有结余，深圳市8个社康中有3个连续三年出现收支逆差，其中1个机构每年亏损额高于100万元，广州市1个机构持续亏损，年平均亏损9.61万元。5.财政绩效方面：①2010-2012年各机构人员人均业务收入水平较稳定，三年平均业务收入为17.91万元；②财政补助总额与业务总量、服务人口有正相关性，相关系数分别为rs1=0.836(P=0.001)、rs2=0.627(P=0.039)，人均补助额与人均门诊量存在正相关，rs3=0.827(P=0.002)。③人均工资收入与业务收入及人均服务量无相关性。6.基本公共卫生服务项目成本：①本研究中社区卫生服务机构共提供基本公共卫生服务项目14大类53小项，其中最少的34项，最多的51项；②2012年社区卫生服务机构总成本为7121.47万元，劳务费是社区卫生服务机构的主要成本消耗，占总成本的63.54%，其次为固定资产折旧维修和卫生材料费，分别占11.17%和10.32%；③根据标准成本测算结果，计算得到每人每分钟社会平均工作成本为1.35元，基本公共卫生服务项目总成本为4416.32万元，占机构总成本的62.03%；④基本公共卫生服务总成本构成中，排在前三位的是健康教育、预防保健和居民健康档案管理，分别占机构总成本的13.88%、11.43%、10.18%；⑤人均基本公共卫生服务项目成本为64.67元。结论：1.每万人口全科医生及公卫医师数不足，部分机构存在医护比例倒置，需加强护士人才引进，适当调整人员结构。高级职称人员比例偏低，应加强人才培训，提高人员职业素质。2.业务用房问题依旧是制约社区卫生服务机构发展的壁垒，应尽快督促落实业务用房政策，减轻机构财政负担。3.机构财务状况不稳定，业务收入占比逐年递减，财政补偿不断增加。部分机构在落实药品零差价后，由于药品收入的骤降，对机构的自我补偿力度减弱，出现收支逆差。4.社区卫生服务财政绩效机制不完善，财政补助与公共卫生服务量无相关性，缺少切合实际的投入标准。人员绩效方面，人均工资与人均业务水平及业务量均无相关性，应建立合适的绩效激励机制，以激发人员工作积极性。5.多数基本公共卫生服务项目已在各社区卫生服务机构规范化开展，公共卫生服务项目补偿缺口较大，政府应坚持主导作用，在激励机构发展业务的同时，逐步按项目质量和数量水平给予补偿。对策建议：1.充分发挥政府主导，制定投入规划。2.拓展资金筹集渠道，建立多元化筹资体系。3.完善用人机制，建立长效的人事制度。4.提高公共卫生服务的软硬件水平，加强信息系统的开发与管理，完善信息平台建设。5.完善服务项目质量评估和管理机制。6.公共卫生服务项目由“补供方”逐步向“补需方”过渡。