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杜氏藻(Dunaliella)广泛存在于淡水、海水甚至高浓度盐环境中,其耐盐浓度范围很宽,在超盐环境中常常是优势物种。杜氏藻属的两个重要种类,杜氏盐藻(Dunaliellasalina)和巴氏杜氏藻(Dunaliella bardawil)能在适宜的条件下合成和积累大量的β-胡萝卜素,是公认的产β-胡萝卜素最好的天然资源。
D.salina和D.bardawil是迄今发现的β-胡萝卜素含量最高的生物,含量为干重的3%~5%,高于其他生物至少一个数量级。杜氏藻能如此高度累积β-胡萝卜素,我们认为与其代谢途径中关键酶的催化机理及其基因调控直接相关。因此从分子生物学的角度研究盐藻合成和累积合成β-胡萝卜素的机理有重大的科学意义。从应用角度来说,只有分离相关合成酶基因,充分弄清类胡萝卜素的次生代谢过程,进而阐明盐藻β-胡萝卜素高度累积的机制,才能对类胡萝卜素代谢途径进行调控,为构建类胡萝卜素工程菌株奠定基础,解决类胡萝卜素的工业生产瓶颈,满足食品、日化和工业生产的需求。
番茄红素β-环化酶是催化番茄红素转化成β-胡萝卜素的关键酶,盐藻高度累积β-胡萝卜素与该酶的基因调控及其酶催化机理直接相关。本研究旨在克隆盐藻番茄红素β-环化酶全长cDNA,对其序列进行生物信息学分析,为体外重建β-胡萝卜素合成路径提供前提条件,为研究盐藻中该次生代谢途径的调控提供了更坚实的基础。
对相近物种的番茄红素β-环化酶基因eDNA序列进行比对,寻找具有高度保守性的序列,并根据该段序列设计引物,利用RT-PCR和半巢式PCR方法扩增得到杜氏盐藻LycB的eDNA保守片断524bp,同雨生红球藻与莱茵衣藻的LycB基因eDNA和氨基酸序列同源性较高,从而确定了该片段确实为LycB基因的一部分。为使片段向3’端延伸,继续设计特异性引物,获得3个长短不一的片段,拼接后得到1.049kb的片断。采用略有修改的SMART技术进行3’RACE和巢式PCR,获得了1383bp的片段;进行5’RACE和巢式PCR,获得了1.934kb的片断。将得到的各片断做了拼接,得到1934bp的片断,再次克隆盐藻番茄红素β-环化酶eDNA的CDS区,验证拼接结果。
对该eDNA进行序列分析,包括与其它物种的相同功能基因进行序列同源性比较和进化分析,密码子的偏好分析,推测其可能的结构和功能的特殊性,并与雨生红球藻和莱茵衣藻作比较,从生物信息学角度解释了盐藻高度积累β-胡萝卜素的原因。密码子分析显示,盐藻的同义密码子以A结尾居多,推测对转录和三级结构有影响;在进化关系上盐藻与雨生红球藻和莱茵衣藻甚远;氧化还原酶家族保守区增强了盐藻LyeB脱氢部位的催化能力,导致番茄红素末端环化生成β-胡萝卜素的过程更加直接快速;三级结构推测表明盐藻LycB的催化位点或结合位点富有更多的结构优势。这些特点为盐藻高度积累β-胡萝卜素的原因提供了各方面证据。