随着电子商务的迅猛发展，基于internet的网上支付系统日趋完善和成熟起来，2006年中国网上支付市场规模达到320亿。然而，因网络交易的高隐蔽性和高技术性所导致的网上支付风险问题也屡见不鲜，其中，网上支付欺诈、黑客入侵、系统故障等操作风险问题尤为突出。网民不使用网上支付的最主要原因是担心交易的安全性和可靠性，防范和管理网上支付操作风险，保证网上支付系统的安全运行就成为当前急需解决的重要的新课题。 本文首先介绍了网上支付系统的含义和构成，网上支付系统操作风险的含义和特点，并结合我国国情，分析了网上支付系统操作风险形成的主要原因。在此基础上，构建适应本国网上支付系统发展需要的的风险管理体系：分别从风险防范和控制、风险吸收、风险转移三个层面和国家、银行、收款人、付款人、第三方供应商五个角度提出我国网上支付系统操作风险的管理措施。本文最后用实例研究方法证明了从多个角度、多个层面控制操作风险的必要性并提出了建议。 本文的创新之处在于比较全面的识别网上支付系统操作风险并从多层面多角度提出了网上支付系统风险管理体系，为我国网上支付系统操作风险管理提供系统化的思路。