哺乳动物的下丘脑、垂体和卵巢分泌的激素在功能上相互作用，构成一个完整的神经内分泌生殖调节体系，即下丘脑-垂体-卵巢轴，它在繁殖活动中起着主要的调节作用。母猪的激素分泌异常，会引起持久黄体、黄体囊肿、卵巢机能静止、卵泡囊肿、卵泡成熟度差、排卵迟缓等疾病，从而影响母猪繁殖性能。垂体是生物体最重要的内分泌腺，其分泌的FSH(促卵泡激素)和LH(促黄体激素)对调控母猪的发情具有十分重要的作用。开展垂体基因表达谱研究将为深入研究母猪垂体激素分泌及合成相关基因研究奠定基础，将为规模化养猪中母猪繁殖障碍原因探析提供参考依据。本文基于RNA-seq技术，以黄体期(PC)和卵泡期(PF)长大二元母猪垂体为对象，对其垂体组织进行高通量测序，然后通过生物信息学技术对测序结果进行系统的评定和深入分析，利用qRT-PCR的方法对测序结果进行验证；最后，对差异表达基因中可能影响黄体期和卵泡期垂体促性腺激素合成及分泌的基因和通路进行深入分析，对2个关键基因c-fos和c-jun进行组织表达谱和SNP分析。主要研究结果如下：　　1.通过RNA-seq测序技术，在PC文库检测到5866432个clean reads，98094个基因；在PF文库检测到5820021个clean reads，95642个基因。以PF为对照组，PC为实验组，PC和PF共有3946个差异表达基因，其中1989个上调，1957个下调。　　2.差异表达基因的GO功能聚类和通路分析显示，黄体期和卵泡期垂体激素合成与分泌的分子基础主要在磷酸化作用、分子和蛋白修饰、发育、代谢、钙信号通路、MAPK信号通路、ErbB信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、细胞粘附等方面。　　3.利用qRT-PCR检测13个基因在PC和PF样品中的相对表达量，其结果与RNA-seq测序结果高度保持一致，表明RNA-seq测序结果可靠。　　4.组织表达谱分析显示差异表达基因c-fos和c-jun在各个组织中均有表达但其表达量有所不同，c-fos和c-jun在处于两个生理阶段下的下丘脑、垂体和卵巢组织中极显著差异表达，暗示c-fos和c-jun对母猪发情周期的调控和性腺轴有着重要作用。　　5.对34头异常发情和100头正常发情的长大二元后备母猪c-fos和c-jun基因进行SNP筛查，尚未发现有义突变。