基金分离定理是现代金融理论中的重要理论，是资本资产定价模型的基础。而针对基金分离定理在现实市场中的实证研究较少，定理的现实意义还有待进一步挖掘。本文就根据Merton 对于基金分离定理的阐述，借助Markowitz 的期望方差理论和有效边界模型，对于基金分离定理在国内股票市场中的大盘和中小盘市场分别能否成立进行了实证研究。经过实证结果的分析和两种市场的对比分析，本文得出了两种市场的特征和影响因素的结论，并据此对于投资者的投资决策提供了具有借鉴意义的参考。　　 经过实证研究大盘市场和中小盘市场上，基金分离定理在何种行情下成立，并通过观察每一考查期内同样风险水平下市场组合与有效组合的差异的变化，得出了市场的一些特征。以沪深300 为研究对象的大盘市场在走势平稳和大跌行情下，定理可能成立，并且市场整体有效性在平稳行情下比较平稳而在大幅涨跌行情下明显变差，这反映了大盘市场行情改变主要源自整体均衡的严重打破而发生根本性改变；以中小板指为研究对象的中小盘市场在大幅上涨和小幅度波动的市场行情下定理均有可能成立，并且市场整体有效性在大部分时期相对平稳，只有在市场大跌时明显变差，这说明中小盘市场大部分时间与均衡状态偏离较小且较为稳定，推测其主要影响因素是供需因素，即市场主体对于市场热点投资方向的趋同判断和共识性投资。根据实证得出的市场特征，投资者需要针对两种市场的变化趋势来决定主动或者被动的投资策略。