经过十多年的努力，福建高科技产业得到长足的进步，高科技产业竞争力不断提高，电子信息产业多年来一直成为福建经济发展的龙头产业，但与台湾高科技产业竞争力相比，福建高科技产业竞争力还处于发展中的阶段。台湾高科技产业一直是经济发展中的主角，高科技产业竞争力处于国际领先地位，以电子信息产业为主的多项高科技产品的市场占有率稳居世界前列，但台湾由于岛内资源缺乏，市场容量小，进一步提升高科技产业的国际竞争力困难重重。在新世纪的高科技产业发展战略中，福建必须充分发挥近台优势，加强与竞争力胜过自己一筹的台湾高科技产业之间的协作，同时积极开拓与发达国家、地区的交流与合作，实现福建高科技产业竞争力的“跨跃式”提升，才能尽快改变相对落后的局面；而台湾高科技产业发展要摆脱当前的束缚，促进高科技产业竞争力新一轮的提升，需要尽快融入到祖国大陆高科技产业发展体系中，实现与包括福建在内的大陆高科技产业协同发展。闽台协同发展高科技产业已是两地的共同愿望，也存在优势互补的客观条件，因此，两地高科技产业若能走协同发展道路，前景将十分广阔。面临新世纪机遇与挑战，闽台高科技产业协同发展，共同提升两地高科技产业竞争力，才能在竞争激烈的世界高科技领域占有一席之地，实现与世界发展同步。 本文以系统论、协同论和区域经济理论为基础，运用理论研究与实证分析并重、定性分析与定量分析相结合的方法，综合应用系统评价模型、合作博弈模型、协同模型、控制模型等，坚持融合与突破，对闽台高科技产业竞争力及其区域产业协同发展进行深入探讨。论文首先把闽台高科技产业看成一个开放的协同系统，并在此前提下，以系统在内外部环境的作用下，形成以高科技产业竞争力为序参量，主导两地高科技产业协同发展为指导，通过对闽台高科技产业内外生竞争力的评价和有代表性的电子信息产业竞争力的比较，以及高科技产业竞争力与区域高科技产业协同发展关系的定性定量分析，研究了两地高科技产业协同发展的动力机制、耦合机制、外部环境控制机制、自组织运行机制，建立了两地高科技产业协同发展的宏、微观模式，并提出了促进两地高科技产业协同发展的对策措施。