水环境问题是当前我国环境保护面临的最主要问题，流域是进行水污染控制的最有效单元。我国流域水环境治理一直存在“重实施、轻评估，重投入、轻产出”的不合理现象，使得已有工作经验与教训不能反映或较好地反馈到后续工作中。有关流域水环境综合治理效益评估的学术研究成果十分有限，已有成果存在诸多不足，如尚未针对农村生活非集中式污染治理工程开展效益评价，研究对象和重点主要集中在对较大流域的小尺度和某个生态工程效能的计量评价上，效益不能统一于完整的评价体系之中。本研究以“多尺度”和“多视角”为特点，以不同的环境价值体系、效益评价体系分别在单项工程和总体效益两个层面针对县级层面的小流域水环境综合治理开展效益评价体系和方法的研究。　　运用生命周期思想剖析了分散型农村生活污水处理工程的结构因子及效益组成要素，认为其生命周期以污水的产生收集作为的开始，以处理后的达标水的排放和污泥的处置作为生命周期的结束，从时序上看，包括建设——运行——退役三个阶段;从维度上看，包括硬件设施——管理运行两个方面。据此构建了包括环境效益、技术性能、经济性能3个准则在内的以13项指标组成的效益评价体系。运用层次分析法确定各准则层及指标贡献权重，分析结果显示占权高于10％的指标包括运行能量与资源消耗(35.3％)、设备投资(15.3％)、氮磷去除率(12.1％)、工艺稳定性(10.2％)4个指标，可见分散型农村生活污水处理更关注投资管理等长效运行、富营养化去除和对季节等因素的抗冲击性能等三个特性。　　流域综合治理侧重于在流域宏观尺度内，采取有效措施来维系、保护和恢复水环境与水生态系统在物理、化学和生物方面的完整性。基于生态、经济、社会三效益综合与平衡原理，遵循突出小流域特色、定量与定性相结合、系统性、可行性等原则，建立了适宜小流域水环境综合治理的由必选指标和可选指标构成的3层12个指标构成的效益评价体系。利用环境价值货币化方法量化指标效益，以防治支出法测算水环境容量价值，以旅行费用法测算旅游业发展效益，以支付意愿法测算环境美化效益，以市场价值法测算提高劳动就业率。以加和法捏合维度内单项指标效益，以乘积法捏合维度外综合指标效益，计算各时间段的成本流和效益流，进行成本——效益分析。　　以太湖水专项武进港子课题为例进行了应用研究。将基于生命周期思想的研究方法应用于新型塔式蚯蚓滤池的分散型农村生活污水处理的效益评价，比较其与其它5种工艺在苏南地区应用的优劣，结果表明，6种工艺中，蚯蚓生物滤池综合效益得分最高(0.724)，其次依次是氧化沟(0.717)、生物接触氧化(0.715)、SBR(0.692)、A2O(0.679)，MBR综合效益得分最低(0.479)，除MBR等级为差外其它工艺均为中。根据评价结果提出了组合工艺法和限制因素法2种改进方案，分析结果显示，蚯蚓生物滤池在各方案中均具有较大的改良空间。将基于环境价值货币化的研究方法应用于武进港水环境综合治理方案的效益评价，比较分析综合治理效益及费效比随时序变化的情况，货币化结果显示，2007～2009年三年间综合治理效益分别为2400.00万元、4717.47万元和6645.71万元，自2008年综合治理实施以来小流域生态效益、经济效益、社会效益逐年提高，且三者形成的综合效益及其协调度也随之增加。此外，还根据规划近期或远期目标预测未来效益并通过插值进行逐年预测分析，得出综合治理影响期内综合治理投入产出之比低于1∶1.38，可见综合治理产生的效益是较为显著的，且若假设年均投入费用保持不变，则随着治理实施年限的推进，其年度投入产出比逐步降低。