水生植被衰退在淡水水域普遍存在，在河流系统主要表现为生境丧失和物种多样性降低，在湖泊则表现在沉水植被衰退或消失。本研究分为两部分，湖泊沉水植物富营养胁迫研究和河流水生高等植物生物多样性研究。　　 第一部分是关于不同营养水平湖区湖水和底泥对苦草生长影响的研究。实验分别选用武汉东湖中营养和富营养湖区的湖水和底泥，并在水柱中添加氮或磷以设置高营养、中营养、中营养添加磷、中营养添加氮等四种营养环境。测定这四种营养条件下栽培苦草的生长和生化指标变化，探讨不同营养环境对苦草生长的影响机制。结果表明，苦草的生物量、叶数和新芽数等生长指标在中营养环境最高，中营养环境添加磷次之，中营养环境添加氮较低，在高营养环境最低；苦草可溶性糖和游离氨基酸含量在高营养环境中最高，在中营养环境、中营养环境添加磷和中营养环境添加氮等处理间没有明显差异。结果分析表明，高营养环境影响苦草的碳氮代谢水平并抑制苦草生长，这可能是由于苦草过量富集高营养环境中的氮素造成的；中营养环境中氮的升高会在一定程度上抑制苦草的生长，而磷的升高对苦草生长没有明显抑制作用。　　 第二部分关于伊犁河流域水生高等植物多样性研究，主要结果如下：　　 1.野外调查结果表明伊犁河流域共有高等水生植物46种，隶属于2门18科28属。除草麻黄为裸子植物外，其余种类均为被子植物。单子叶植物11科19属33种、双子叶植物6科8属12种。　　 2.研究表明，物种α-多样性与科、属α-多样性显著相关，种β-多样性与科、属β-多样性也存在显著相关关系，说明伊犁河流域水生高等植物种一级水平和较高分类水平的变化是一致的。　　 3.研究表明，物种α-多样性在海拔空间格局没有规律性。在各海拔区间内水生植物科、属、种β-多样性值呈现基本相同规律，即海拔高度相差越大，其间Jaccard相似性系数越低，说明样点海拔跨度越大，植物相似性越小。