赤霉病是在小麦、大麦、燕麦等禾谷类作物上反复发作的重要病害,而禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum）则是引起赤霉病的主要致病菌。因此对禾谷镰刀菌的生长发育、产孢过程、毒素合成以及侵染扩展等关键环节的研究有着重大的意义。但目前对禾谷镰刀菌的研究尤其是其分子调控机制上的认识仍十分有限,有待于我们更深入的探索和研究。同源异型盒基因是一类在真核生物的发育和细胞分化中起着重要作用的转录调控因子,我们已有的研究证实禾谷镰刀菌中同源异型盒基因Fghtf1特异调控分生孢子的产生。为进一步寻找Fghtf1转录因子的相关基因,本研究采用高通量RNA测序技术（RNA-Seq）对野生型PH-1菌株和ΔFghtf1突变体菌株进行了全基因组转录量差异分析。结果显示其中591个基因转录量上调,549个基因转录量下调。依据FGDB数据库蛋白功能注释工具对上下调基因进行功能预测并聚类发现,近1/3的差异基因属于未知功能的基因,已有功能注释的基因大多集中在新陈代谢聚类群中。进一步运用荧光定量PCR对其中上下调明显和不明显的10个基因进行了检测,结果和RNA-Seq的差异转录谱相一致。为明确其中2个转录量明显下调基因的生物学功能,我们运用同源重组的方法对这两个基因FGSG₁0565和FGSG₀7629进行基因敲除,结果显示ΔFGSG₁0565和ΔFGSG₀7629基因缺失突变体在菌落生长和产孢能力均与野生型相比无明显差异,说明这两个基因可能处于Fghtf1转录因子的下游网络,但不直接调控分生孢子的形成。