基于自主创新能力理论研究和国家政策的迫切需要,本文以我国内资企业和外商投资企业2003-2017年的时间序列数据为数据样本,从投入产出的角度出发,探究不同的技术路径(自主研发、FDI技术溢出)与企业自主创新能力之间的关系,并在此基础上,考量外部制度环境对上述关系的调节作用。与现有大多数研究不一样的是,在理论方面,本文综合考量了自主研发和FDI技术溢出内外两个不同技术途径的内外部动力对企业自主创新能力的影响,同时加入知识产权保护外部制度环境作为调节变量,探究在知识产权保护下自主研发与FDI技术溢出两种不同技术路径对我国企业自主创新能力的影响机制、影响方向和影响程度如何;在实证方面,本文选择外资企业在华设立研发机构、进行研发活动以及申请专利作为FDI技术溢出的衡量指标进行回归分析,由回归结果提炼出本文研究结论,终而基于结论并结合当今我国实情,提出有关我国企业自主创新能力提升的政策性建议,以期为我国实现“跻身创新型国家行列”和“建设世界科技强国”的长远目标提供方向性参考。通过理论和实证分析,对本文研究结论总结如下:(1)未加入知识产权保护的情况下,自主研发与企业自主创新能力之间存在不显著的正相关关系;(2)未加入知识产权保护的情况下,FDI溢出总体上与我国企业自主创新能力具有正相关关系。其中,外资企业在华进行研发活动和申请专利对内资企业的自主创新能力具有不显著的正相关关系,外资企业在华设立研发机构与内资企业的自主创新能力具有显著的正相关关系;(3)加入知识产权保护的情况下,知识产权保护显著的正向调节自主研发对自主创新能力的促进作用;(4)加入知识产权保护的情况下,总体上,知识产权保护显著的负向调节FDI技术溢出对我国企业自主创新能力的作用。其中,在知识产权保护下,外资企业设立研发机构和进行研发活动显著的抑制我国企业自主创新能力的提升,而申请专利对我国企业自主创新能力具有不显著的影响。基于上述实证研究结论提出以下政策建议;(1)就自主研发而言,国家及地方政府应进一步改善研发政策环境,优化企业研发投入结构,强化企业研发主体地位;企业应坚定自主创新信念,不断加大自主研发投入力度,提升自身创新能力;(2)就FDI而言,国家及地方政府引入外资时应重“质”轻“量”,优化调整外资引进结构,提高高技术、战略性和新兴产业的占比;企业应增强自身技术基础和能力,提高对外资企业在华设立研发机构、开展研发活动以及申请专利等方式和行为所产生的技术溢出的吸收能力;(3)就知识产权保护而言,国家及地方政府应建立健全现代知识产权制度,全方位、全领域修订和完善相关知识产权法律体系,做到“有法可依,有法必依”;不断加强行政执法力度,推进严格规范执法切实解决行政保护与司法保护的相互配合或无缝对接问题,做到“违法必究、执法必严”;企业应增强自身知识产权保护意识,设立知识产权专责部门,注重培养知识产权保护的职业人才。