鲸鲨(Rhincodon typus Smith,1829)是海洋中最大的鱼类,隶属于须鲨目(Orectolobiformes)鲸鲨科(Rhincodontidae)鲸鲨属(Rhincodon Smith,1829),是鲸鲨科鲸鲨属中的唯一物种,已经列入世界自然保护联盟(International Union for the Conservation of Nature and Natural Resources, IUCN)红色名录,并被列入濒临绝种野生动植物国际贸易公约(Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora,CITES)附录Ⅱ,是国家二级保护动物和珍稀的濒危物种。在过去十多年内,世界范围内的鲸鲨数量急剧下降,人类活动的过度干预、海洋气候的反常和栖息地的污染破坏是导致鲸鲨濒临灭绝的主要原因。鲸鲨的生活史较为复杂,时间和空间上巨大的跨度使传统的方法很难详细阐明鲸鲨的生活史以及物种多样性的相关信息,必须通过实地的野外调查、分子遗传学方法再辅以卫星跟踪共同使用,才能准确掌握鲸鲨的遗传多样性信息,为其制定科学有效的保护措施。最近十年,全球范围内已经展开对鲸鲨遗传多样性的研究,但对于中国沿海海域出现的鲸鲨的生物学和遗传学研究还处于相对的真空状态,国内很少有专门对我国沿海鲸鲨的数据进行系统地整理与分析。本研究共对中国沿海的8个省份进行调查,共采集了包括南海、东海、黄海和渤海四大海域的30个鲸鲨肌肉样本,取得了如下创新性结果：1.通过各地渔政部门和各大渔港渔民的问卷、采访和跟踪调查,对我国沿海鲸鲨的分布现状和主要栖息地有了初步了解,推测了鲸鲨的活动规律以及我国鲸鲨活动的主要影响因素,大致确定了我国沿海鲸鲨保护的重点区域,掌握了关于我国沿海鲸鲨种群分布和数量的第一手资料,为构建全球鲸鲨信息数据库和网络平台提供宝贵信息。在中国沿海经常会有鲸鲨捕获或搁浅的情况发生,出现鲸鲨最多的水域是浙江沿海海域和海南附近水域,其中海南岛附近存在着一个相当规模的鲸鲨栖息地。通过对鲸鲨种群资源的调查,能够推测出鲸鲨沿着中国沿海海域进行季节性扩散：冬春季节主要栖息于海南附近海域,5、6月份开始出现在华东区,7、8月份出现在华北区,9月份出现在整个中国沿海,然后在12月之前洄游到中国南部海域的东海和南海。2.在全国主要大渔港采集了30头鲸鲨的肌肉样本,通过分析鲸鲨线粒体DNA(Mitochondrial DNA,mtDNA)上的细胞色素c氧化亚基Ⅰ基因(Cytochrome oxidase subunit I,COI),细胞色素b基因(Cytochrome b, Cyt b)和控制区基因(control region),初步研究了中国沿海鲸鲨的遗传多样性,填补了国际上关于中国鲸鲨遗传学研究方面的空白；通过遗传距离分析,探究了中国沿海鲸鲨与其他海域鲸鲨的地理亲缘关系；通过与其它鲨鱼线粒体基因的对比,探讨了鲸鲨在软骨鱼类中的进化地位。本研究主要获得以下结果：(1)在30个鲸鲨样本中,共得到13个控制区基因单倍型,7个COI基因单倍型和7个Cyt b基因单倍型,单倍型多态性均处于高水平状态,但核苷酸多样性均较低,总体遗传多样性水平较低：(2)对鲸鲨的三段序列构建系统发育树,发现中国沿海鲸鲨的扩散路线主要有两条,与日本海域的鲸鲨亲缘关系最近,与澳大利亚海域和东印度洋海域的鲸鲨亲缘关系也比较密切,但与大西洋、墨西哥湾和加勒比海地区的鲸鲨亲缘关系较远。在软骨鱼中,与须鲨目中的豹纹鲨(Stegostoma fasciatum)和条纹斑竹鲨(Chiloscyllium plagiosum)亲缘关系最接近,在须鲨目中出现较晚,是由须鲨科演化而来,同时须鲨目在鲨形总目中的进化地位也相对原始,和真鲨目亲缘关系较为接近：(3)对三段序列的中性检验和错配分析结果表明中国沿海鲸鲨近期经历过种群扩张。通过对中国沿海鲸鲨分布及遗传多样性的初步研究,明确了中国沿海鲸鲨在国际上的保护地位,为鲸鲨资源调查与保护提供了科学的理论依据。研究了鲸鲨生物多样性及其进化潜力,基于此提出对我国沿海鲸鲨利用方式的改变,进而充分挖掘我国鲸鲨旅游资源,探索保持海洋珍稀动物保护与经济利用平衡的新途径。