本研究利用两套辣椒CMS雄性不育系和对应的保持系W9A、W9B，W7A、W7B和不同基因型的自交系构建F<,1>群体、F<,1>群体和回交群体，研究和分析辣椒CMS雄性不育的遗传特点和规律。利用8个辣椒雄性不育两用系为试材，。通过全轮配构建后代遗传群体，研究和分析辣椒细胞核不育(GMS)的遗传规律，并探讨辣椒细胞核不育(GMS)和细胞质不育(CMS)之间的联系。同时，对CMS型雄性不育的不育系和保持系W9A、W9B以及利用两用系轮配得到的新不育系A2和其母本可育株B2进行各种保护酶系统、物质代谢系统及内源激素的分析；利用双向凝胶电泳的方法，比较它们的蛋白质组的差异，研究和探索辣椒雄性不育的生理机制。主要研究结果如下： 1、辣椒雄性不育系W9A符合CMS隐性不育单基因控制理论，即由一对隐性不育基因msms和s细胞质共同控制不育，其不育系基因型为s(msrns)，保持系基因型为N(msms)，恢复系基因型为N(MsMs)或S(MsMs)。 2、雄性不育系W7A符合CMS三对非等位基因互作假说，即育性由细胞质和三对非等位核基因互作控制，三个核基因按互补遗传方式作用。ms<,1>，ms<,2>，ms<,3>三个隐性不育基因纯合时，均表现为隐性上位，也就是说在含有S突变细胞质个体中，花粉可育的恢复，必须在三个位点上同时至少存在一个显性恢复基因。 3、辣椒GMS雄性不育基因具有多样性，根据本研究所用的材料，认为细胞核不育基因至少存在四种，是隐性不育核基因，它们作用相似，但彼此独立。 4、通过细胞质不同的两用系之间的杂交，可以获得新的不育系。本研究以s型细胞质两用系的不育株为母本和N型细胞质两用系的可育株杂交，均获得了100％或接近100％~育系。进一步测配表明，新不育系为细胞质(CMS)型。说明CMS和GMS两种遗传类型之间没有严格界限。 5、通过对A1(W9A)、B1(W9B)、A2(两用系不育株×另一两用系可育株所得小育系，即W136×W121)、B2(A2母本两用系可育株，即W136可育株)测定保护酶POD、CAT、SOD酶活性变化、可溶性糖、蛋白质、脯氨酸含量以及内源激素含量，测定结果显示，不育系和可育株之间以及两种雄性不育系之间的生理代谢都存在差异。 6、利用双向凝胶电泳和计算机辅助分析方法，比较辣椒细胞质雄性不育系、保持系花期叶片和种子的蛋白质组，发现不育系与保持系花期叶片和种子在蛋白质(多肽)的差异，可能与细胞质雄性不育的形成有关。