论文部分内容阅读
目的:泌尿系统肿瘤的发病现状一直是研究者们的关注重点,其最常见的肿瘤类型之一是肾细胞癌(Renal Cell Carcinoma,RCC),肾细胞癌的最常见亚型则为肾透明细胞癌亚型(clear cell Renal Cell Carcinoma,ccRCC),ccRCC的高转移率和高死亡率一直影响着该类癌症的治疗。肾透明细胞癌发生和发展的分子生物学机制尚未完全阐明,研究肾透明细胞癌的分子机制具有重要意义。如今,生物信息学方法已经在癌症生物学领域得到广泛应用,被用来协助寻找癌症生物标记物和治疗靶标。本研究我们利用开放的生物信息学数据库寻找与肿瘤发生进展相关的潜在治疗靶点,可能为ccRCC的临床治疗做出贡献。研究方法:我们首先从人类肿瘤基因组(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获取肾透明细胞癌的表达谱,共包含539例ccRCC样本以及72例癌旁组织样本。然后,我们利用“edgeR”包获取在ccRCC患者与癌旁组织,III/IV期ccRCC患者与I/II期ccRCC患者中皆差异表达的基因,筛选出随着ccRCC病程进展上调的基因,最终选择分析上调基因AURKB、KIF18B之间的相关性。GEO(The Gene Expression Omnibus)数据库是一个可供研究者获取数据并进行分析研究的平台,为了验证AURKB、KIF18B在ccRCC患者中的差异表达及相关性,我们下载了该平台的GSE53757数据集,该数据集包含了72例肾透明细胞癌患者样本和与之对应的72例癌旁样本数据。我们继续分析了AURKB、KIF18B与ccRCC患者临床参数的相关性,以及单独分析AURKB、KIF18B时和AURKB、KIF18B协同表达时的ccRCC患者预后情况。KEGG分析AURKB、KIF18B的共表达基因在ccRCC中的潜在作用机制。结果:1.分析TCGA数据库,鉴定出3个均在ccRCC中高表达,且随着ccRCC患者临床分期的进展表达水平也相应显著上调的基因:IL20RB、AURKB和KIF18B,其中AURKB和KIF18B在ccRCC中具有密切的相关性(r=0.963,p<0.001),因此我们选择AURKB和KIF18B进一步分析。2.GEO数据库中GSE53753数据集作为验证集,验证了AURKB和KIF18B随着ccRCC发生进展表达水平的显著上升,以及两者之间的密切相关性(r=0.572,p<0.001)。3.AURKB高表达、KIF18B高表达均与ccRCC患者的T分期、N分期、M分期以及Grade分级相关(p<0.001),AURKB、KIF18B协同表达的四种情况下,AURKB(high)+KIF18B(high)与ccRCC患者的T分期、N分期、M分期以及Grade分级显著相关(p<0.001)。4.AURKB高表达(p<0.0001),KIF18B高表达(p<0.0001)与ccRCC患者预后不良有关。AURKB、KIF18B协同表达的四种情况下,AURKB(high)+KIF18B(high)表达时(p<0.0001)与ccRCC患者预后不良相关。多因素COX回归模型结果显示,除了纳入患者临床信息的T分期,N分期,M分期,年龄,Grade分级外,单独纳入AURKB、KIF18B时,AURKB(HR=1.955,95%CI:1.203-3.176)和KIF18B(HR=2.077,95%CI:1.282-3.365)分别是重要的独立预后风险因素;分析两者协同表达的情况时,显示AURKB(high)+KIF18B(high)(HR=2.094,95%CI:1.297-3.379)与患者生存期缩短显著相关。结论:1.在ccRCC患者中发现了差异表达基因AURKB和KIF18B,它们随着ccRCC的发生、进展过程表达水平显著提高。2.ccRCC中,AURKB与KIF18B密切相关。3.在AURKB和KIF18B协同表达的四种不同情况下,只有AURKB和KIF18B协同高表达时与ccRCC患者不良预后显著相关。